6j9e

Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with NusA and the bacteriophage protein P7

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (strain PXO99A)

UniProt B2SQT4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (B2SQQ1) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (B2SQQ2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0U4VN94) DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 45L × 1 (Q8LTJ5) Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_XANOP
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 15–346; UniProt 1–332 作者链 B; PDB构建体 15–346; UniProt 1–332

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A

UniProt B2SQQ1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (B2SQT4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (B2SQQ2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0U4VN94) DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 45L × 1 (Q8LTJ5) Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOB_XANOP
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1383; UniProt 1–1383

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A

UniProt B2SQQ2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (B2SQT4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (B2SQQ1) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0U4VN94) DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 45L × 1 (Q8LTJ5) Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPOC_XANOP
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1405; UniProt 1–1405

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Xanthomonas oryzae pv. oryzae

UniProt A0A0U4VN94

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (B2SQT4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (B2SQQ1) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (B2SQQ2) DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 45L × 1 (Q8LTJ5) Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0A0U4VN94_XANOO
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–99; UniProt 1–99

45L

Xanthomonas virus Xp10

UniProt Q8LTJ5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 7 DNA 2 RNA 1 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (B2SQT4) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (B2SQQ1) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (B2SQQ2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0U4VN94) DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*UP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 Transcription termination/antitermination protein NusA × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 Q8LTJ5_9CAUD
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 5–77; UniProt 1–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6j9e
沉积日期 deposition_date2019-01-22
结构标题 titleCryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with NusA and the bacteriophage protein P7
关键词 keywords;RNA polymerase, transcription termination, anti-termination, RNAP clamp, phage, transcription initiation, P7, NusA, Xanthomonos oryzae, Xp10, transcription ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6j9e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6j9e__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6j9e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)47.56 Å
Rg(电子密度)47.18 Å
总 Rg47.27 Å
原子数24427
残基数3266
排除体积428370 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6j9e__assembly_1__model_1 decameric (10) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6j9eA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6j9eA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6j9eB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6j9eB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6j9eD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6j9eD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id6j9eE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id6j9eJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily560 —
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7. 引用文献 (1)