6j9f

Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q2NZX8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （B2SQQ2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0U4VN94） DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ; × 1 45L × 1 （Q8LTJ5） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_XANOP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–346； UniProt 1–332 作者链 B； PDB构建体 15–346； UniProt 1–332

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018

UniProt Q2NZX8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （B2SQT4） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （B2SQQ2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0U4VN94） DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ; × 1 45L × 1 （Q8LTJ5） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_XANOM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1383； UniProt 1–1383

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A

UniProt B2SQQ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （B2SQT4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q2NZX8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0U4VN94） DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ; × 1 45L × 1 （Q8LTJ5） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_XANOP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1405； UniProt 1–1405

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Xanthomonas oryzae pv. oryzae

UniProt A0A0U4VN94

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （B2SQT4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q2NZX8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （B2SQQ2） DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ; × 1 45L × 1 （Q8LTJ5） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U4VN94_XANOO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

45L

Xanthomonas virus Xp10

UniProt Q8LTJ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （B2SQT4） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q2NZX8） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （B2SQQ2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0U4VN94） DNA (29-MER) × 1 DNA (29-MER) × 1 ;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8LTJ5_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 5–77； UniProt 1–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6j9f
沉积日期 deposition_date	2019-01-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7
关键词 keywords	;RNA polymerase, transcription termination, anti-termination, RNAP clamp, phage, transcription initiation, P7, Xanthomonos oryzae, Xp10, transcription ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6j9f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6j9f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6j9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.46 Å
Rg（电子密度）	45.97 Å
总 Rg	46.13 Å
原子数	23658
残基数	3122
排除体积	414400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6j9f__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	38030.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23658

MGSSHHHHHHSQDPMTVTANQVLRPRGPQIERLTDNRAKVVIEPLERGYGHTLGNALRRVLLSSIPGFAITEVEIDGVLHEYTTVEGLQEDVLDVLLNLKDVAIRMHSGDSATLSLSKQGPGTVTAADIRTDHNVEIINGDHVICHLTKDTALNMRLKIERGFGYQPAAARRRPDEETRTIGRLMLDASFSPVRRVAYAVEAARVEQRTDLDKLVIDIETNGTIDAEEAVRTAADILSDQLSVFGDFTHRDRGAAKPAASGVDPVLLRPIDDLELTVRSANCLKAESIYYIGDLIQKTEVELLKTPNLGKKSLTEIKEVLAQRGLALGMKLENWPPAGVAQHGMLG

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	360094
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	154471.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTSYSFTEKKRIRKDFGKQRSILEVPFLLAIQVDSYREFLQEDVESTKRKDLGLHAALKSVFPISSYSGNAALEYVGYKLGQPVFDERECRQRGMSYGAPLRVTVRLVIYDRESSTKAIKYVKEQEVYLGEIPLMTGNGTFIVNGTERVIVSQLHRSPGVFFDHDRGKTHSSGKLLYSARIIPYRGSWLDFEFDPKDALFTRIDRRRKLPVSILLRALGYNNEEMLAEFFEINTFHINPDEGVQLELVPERLRGETLNFDLADGDKVIVEAGKRITARHVKQLEAAGVAALAVPDDYLVGRILSHDVVDGSTGELLANANDEISEDQLTAFRKAGVDAVGTLWVNDLDRGPYLSNTLRIDPTKTQLEALVEIYRMMRPGEPPTKEAAQNLFHNLFFTFERYDLSTVGRMKFNRRVGRKDVLGESVLYDKKYFAERNDEESKRLVAEHTDTSDILEVIKVLTEIRNGRGVVDDIDHLGNRRVRSVGEMAENVFRVGLVRVERAVKERLSMAESEGLTPQELINAKPVAAAIKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEVTHKRRVSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCTIETPEGPNIGLINSLAVFARTNQYGFLETPYRKVLDGKVSDDVEYLSAIEENEYVIAQANALTDAKNMLTEQFVPCRFQGESLLKPPSEVHFMDVSPMQTVSVAAALVPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRSQKPLVGTGIERAVARDSGVTVNALRGGVIEQIDAARIVVKVNEAEIGGGTDAGVDIYNLIKYTRSNQNTCINQRPLVNVGDVIARGDVLADGPSTDIGELALGQNMLIAFMPWNGYNFEDSILLSERVVEEDRYTTIHIEELTCVARDTKLGPEEISADIPNVSEQALNRLDESGVVYIGAEVRAGDIMVGKVTPKGESQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPPGMDGTVIDVQVFTRDGIEKDKRARQIEENEIKRVKKDFDDQFRILEAAIYARLRSQIVGKVANGGANLKKGDSVTDAYLDGLKKSDWFQLRMKDEDAADAIERAQKQIQAHEKEFEARFADKRGKITQGDDLAPGVLKMVKVFLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVVSNVVPVEDMPYMATGESVDIVLNPLGVPSRMNIGQILEVHLGWAAKGLGRKIQRMLEAQAAVSELRKFLDDIYNHDNAINAQRVDLSQFSDEELLNLGKNLIDGVPMATPVFDGASEAEIKRMLELADLPQSGQTQLYDGRTGEAFDRKTTVGYMHYLKLNHLVDDKMHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVQGRNQMYKNIVDGEHEMVAGMPESFNVLVKEIRSLAIHMELEE

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	342109
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	155444.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKDLLNLFNQQRQTLDFDAIKIALASPDLIRSWSYGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCAAIFGPIKDYECLCGKYKRMKHRGVVCEKCGTEVTLAKVRRERMGHIDLASPVAHIWFLKSLPSRIGLMLDMTLRDIERVLYFEAYVVTEPGLTPLERRQLLTEEQYLTARQEYNDDFDAAMGAEAVYELLRTIDLQSEMTRLREEIASTGSETKLKRLTKRIKLIEAFLESGNRPEWMVMTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLRRLLELNAPDIIVRNEKRMLQESVDALLDNGRRGRAITGTNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLKLHQCGLPKKMALELFKPFVFAKLQRRGLATTIKAAKKLVEREEAEVWDILEEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHVPLSLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMSRALENKKGEGMVFANTSEVKRAYDNRVVELHAKVKVRITQVDVDAVDGKRTSGTSIVDTTVGRALLSEILPEGLPFQLANTEMTKKNISRLINSSYRLLGLKDTVVFADKLMYTGYAYATRAGVSIGIDDMLIPDEKKGILTEAEAEVLEIQEQYQSGLVTAGERYNKVVDIWSRTSERIAKAMMDTIGTEKVENAKGETIDQKSMNSLYIMADSGARGSQAQIRQLAGMRGLMARPDGSIIETPIKANFREGLNVQEYFNSTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDVVITEIDCGTTEGLIMTPIVEGGDVVEPLKERVLGRVVAEDVYLPGNDEEPIVTRNTLLDEAWVAKLEDASVQSVKVRSTISCESSFGVCARCYGRDLARGHQVNIGEAVGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAVDNITVKTTGSVKFNNLKSVAHASGSLVAVSRSGELSVLDGHGRERERYKLPYGATITAKDGDAVKAGQSVANWDPHNHPIVSEVAGFIRFIDFVDGVTVIEKTDELTGLASREITDPKRRGAHAKELRPIVRIVDGKGNDLTIPNTDLPAQYLLPPRSIVNLQDGAAVGVGDVVAKIPQEASKTRDITGGLPRVADLFEARKPKDPAILAERSGIISFGKDTKGKQRLIIKDTDGSEHEELIPKYRQIIVFEGEHVTKGETVVDGEPSPQDILRLLGVEPLAAYLVKEIQDVYRLQGVKINDKHIEVITRQMLRKVEIVDQGNSKFLNGEQVERQRVIEENARLVKRNELPAKYDPVLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVRGTRDNLRGLKENVIVGRLIPAGTGLAYHAGRRKASGLTDSEMETLSGKPAGAEPVAALADAGADEE

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	360094
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11112.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARITVEDCLEVVNNRFELVMMASKRARQLANGVQPLIENAAASDKPTVMALREIAARRIDNALIDEVEKAERERAEREALEWAAAEVVADEDMSKNDD

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas oryzae pv. oryzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64187
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (29-MER)
分子量 formula_weight	8813.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GGGTATTCGCCGTGTACCTCTCCTAGCCC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (29-MER)
分子量 formula_weight	8840.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGGCTACCTCTCCATGACGGCGAATACCC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPGPCPGPGPAPGPAPGPGPUPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6510.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GCAUUCAAAGCGGAGAGGUA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	45L
分子量 formula_weight	8519.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GAMAMNEFTQISGYVNAFGSQRGSVLTVKVENDEGWTLVEEDFDRADYGSDPEFVAEVSSYLKRNGGIKDLTKVLTR

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas virus Xp10
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	232237
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6j9fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6j9fA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6j9fB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6j9fB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6j9fD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	6j9fD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

结构域编号 domain_id	6j9fE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	6j9fJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	560 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

45L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6j9f__assembly_1__model_1

6j9f__assembly_1__model_1 | I(q)

6j9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)