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6jjy

Crystal Structure of KIBRA and beta-Dystroglycan

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein KIBRA

Mus musculus

UniProt Q5SXA9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–132 未记录 Peptide from Dystroglycan × 1 （Q14118） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；3.0-4.0M NaCl, 100mM Bis-Tris (pH 6.5) 分辨率 2.30 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JJY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6J68 Structure of KIBRA and LATS1 Complex 提交 2019-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–132（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；0.1M Tris, 28% PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
6J68 Structure of KIBRA and LATS1 Complex 提交 2019-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–132（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；0.1M Tris, 28% PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
6J69 Structure of KIBRA and Dendrin Complex 提交 2019-01-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–132（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 0.4M Sodium citrate, 16% 2-Propanol
分辨率 2.75 Å R-free 0.282
6JJW Crystal Structure of KIBRA and PTPN14 complex 提交 2019-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–132（128 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；700mM magnesium formate, 100mM Bis-Tris Propane (pH 7.0)
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
6JJX Crystal Structure of KIBRA and Angiomotin complex 提交 2019-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 5–132（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% w/v pentaerythritol propoxylat 629 (17/8 PO/OH), 50mM MgCl2, 100mM Tris (pH 8.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
6JJX Crystal Structure of KIBRA and Angiomotin complex 提交 2019-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–132（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% w/v pentaerythritol propoxylat 629 (17/8 PO/OH), 50mM MgCl2, 100mM Tris (pH 8.5)
分辨率 2.00 Å R-free 0.234

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KIBRA_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–134； UniProt 5–132

Peptide from Dystroglycan

Homo sapiens

UniProt Q14118

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 877–895 未记录 Protein KIBRA × 1 （Q5SXA9） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；3.0-4.0M NaCl, 100mM Bis-Tris (pH 6.5) 分辨率 2.30 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JJY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EG4 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 881–895（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2MK7 Tetra-O-GalNAc glycosylated mucin sequence from alpha dystroglycan mucin domain 提交 2014-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 419–427（9 aa） 片段：mucin domain peptide (UNP residues 419-427)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；288 K；压力 ambient
NMR样品组成 2-10 mM aDG mucin domain peptide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 2-10 mM aDG mucin domain peptide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
5GGP Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta1,2-Man-peptide 提交 2016-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 316–325（10 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；MES-NaOH, LiCl2, Na acetate, PEG-6000
分辨率 1.60 Å R-free 0.246
5GGP Crystal structure of N-terminal domain of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase in complex with GlcNAc-beta1,2-Man-peptide 提交 2016-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 316–325（10 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；MES-NaOH, LiCl2, Na acetate, PEG-6000
分辨率 1.60 Å R-free 0.246
5LLK Crystal structure of human alpha-dystroglycan 提交 2016-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 52–315（264 aa） 片段：UNP residues 52-315
突变：R168H EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.8 M Sodium Citrate
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
8UF4 Crystal structure of wildtype dystroglycan proteolytic domain (juxtamembrane domain) 提交 2023-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 491–653（163 aa） 片段：residues 491-653
链 B 654–748（95 aa） 片段：residues 654-748
链 C 491–653（163 aa） 片段：residues 491-653
链 D 654–748（95 aa） 片段：residues 654-748
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；295 K；0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, 20% PEG 4000
分辨率 2.43 Å R-free 0.275

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DAG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 3–21； UniProt 877–895

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6jjy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6jjy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6jjy
沉积日期 deposition_date2019-02-27
结构标题 titleCrystal Structure of KIBRA and beta-Dystroglycan
关键词 keywordsWW tandem, PY tandem, KIBRA, PTPN14, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.93 Å
零角强度 I(0) i05492060.00
分子量 molecular_weight17030.0 kDa
排除体积 excluded_volume21023 ų
包络体积 envelope_volume31339 ų
水化壳体积 shell_volume11513 ų
包络直径 envelope_diameter102.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.20 Å
包络 Rg envelope_rg29.30 Å
形状 Rg shape_rg27.92 Å
总 Rg total_rg27.98 Å
总原子数 total_atoms1203
残基数 n_residues145
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.5 Å
Rg (实空间) rg_real27.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4920e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5491000.0000
解质量估计 total_estimate0.6477
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary19.3 Å
偏度 Skewness skewness0.837
峰度 Kurtosis kurtosis-0.172
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha344100.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.155; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.005; Smooth: 0.946
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)