SAXSdb — 6jlh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Secretagogin

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 7–267 链 C； UniProt 7–267	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Synaptosomal-associated protein 25 × 2 （P60880） CA CALCIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M glycocine, 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JLH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BE4 X-RAY STRUCTURE AN EF-HAND PROTEIN FROM DANIO RERIO Dr.36843 提交 2005-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–272（271 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；10 MG/ML PROTEIN, 26% PEG 2K, 0.100 M BTP, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
2Q4U Ensemble refinement of the crystal structure of an EF-hand protein from Danio rerio Dr.36843 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–272（271 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEGN_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 7–267 作者链 C； PDB构建体 1–261； UniProt 7–267

Synaptosomal-associated protein 25

Homo sapiens

UniProt P60880

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 154–170 链 D； UniProt 154–170	未记录	Secretagogin × 2 （Q5XJX1） CA CALCIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M glycocine, 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JLH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KIL Three-dimensional structure of the complexin/SNARE complex 提交 2001-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 10–81（72 aa）片段：SNARE motif (11-82) 链 D 139–204（66 aa）片段：SNARE motif (141-203)	突变：W added at C-terminus 突变：W added at C-terminus	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；27%(v/v) Iso-Propanol, 200mM MgCl2, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.305
1XTG Crystal structure of NEUROTOXIN BONT/A complexed with Synaptosomal-associated protein 25 提交 2004-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 146–204（59 aa）片段：n2 domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；10% PEG 8000, 200 mM magnesium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
2N1T Dynamic binding mode of a synaptotagmin-1-SNARE complex in solution 提交 2015-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 7–83（77 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 7-83) 链 D 131–204（74 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 131-204)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 30 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 25 mM Tris-HCl, 125 mM KSCN, 1 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3DDA Crystal structure of the catalytic domain of Botulinum neurotoxin serotype a with a snap-25 peptide 提交 2008-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 197–202（6 aa）片段：sequence database residues 197-202	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG8000, 0.2M Ammoium Sulfate, 0.1M Sodium Cacodylate, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 D 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK2 Truncated SNARE complex 提交 2011-04-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 H 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；294 K；0.05 M calcium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5-7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3RK3 Truncated SNARE complex with complexin 提交 2011-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 D 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 D 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 H 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 L 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 P 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 S 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 T 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 W 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 X 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 a 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 b 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3RL0 Truncated SNARE complex with complexin (P1) 提交 2011-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 e 7–82（76 aa）片段：UNP residues 7-82 链 f 141–203（63 aa）片段：UNP residues 141-203	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；13-15% polyethyleneglycol (PEG) 5000MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.01 M EDTA, and 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 3.80 Å R-free 0.345
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–206（62 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 145–206（62 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
8BAN Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from SNAP-25 提交 2022-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 155–179（25 aa）	突变：F64L,Q80R,I167T MUTATIONS IN ENHANCED GFP (HIGHER FLUORESCENCE INTENSITY) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；PEG 3350 (20%), 2 mM CaCl2, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.2 M NaI	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
8BAN Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from SNAP-25 提交 2022-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 155–179（25 aa）	突变：F64L,Q80R,I167T MUTATIONS IN ENHANCED GFP (HIGHER FLUORESCENCE INTENSITY) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；PEG 3350 (20%), 2 mM CaCl2, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 6.5, 25 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.2 M NaI	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
8BAV Secretagogin (human) in complex with its target peptide from SNAP-25 提交 2022-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 155–179（25 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Na-acetate 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
8BAV Secretagogin (human) in complex with its target peptide from SNAP-25 提交 2022-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 155–179（25 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Na-acetate 20% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.262

共 10 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNP25_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–17； UniProt 154–170 作者链 D； PDB构建体 1–17； UniProt 154–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jlh
沉积日期 deposition_date	2019-03-05
结构标题 title	Structure of SCGN in complex with a Snap25 peptide
关键词 keywords	vesicle transport, endosomal sorting, membrane fusion, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.74 Å
零角强度 I(0) i0	73229000.00
分子量 molecular_weight	65297.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80783 Å³
包络体积 envelope_volume	99991 Å³
水化壳体积 shell_volume	33047 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.73 Å
包络 Rg envelope_rg	24.81 Å
形状 Rg shape_rg	24.72 Å
总 Rg total_rg	25.66 Å
总原子数 total_atoms	4495
残基数 n_residues	531
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8855
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Secretagogin
分子量 formula_weight	30864.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4637

NLDAAGFLQIWQHFDADDNGYIEGKELDDFFRHMLKKLQPKDKITDERVQQIKKSFMSAYDATFDGRLQIEELANMILPQEENFLLIFRREAPLDNSVEFMKIWRKYDADSSGYISAAELKNFLKDLFLQHKKKIPPNKLDEYTDAMMKIFDKNKDGRLDLNDLARILALQENFLLQFKMDASSQVERKRDFEKIFAHYDVSRTGALEGPEVDGFVKDMMELVRPSISGGDLDKFRECLLTHCDMNKDGKIQKSELALCLG

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synaptosomal-associated protein 25
分子量 formula_weight	1830.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SGIIGNLRHMALDMGNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6jlhA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6jlhA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6jlhA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6jlhC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6jlhC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	6jlhC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.524 Å
晶胞边长 b length_b	107.049 Å
晶胞边长 c length_c	54.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	46.960 Å
R 因子 r_factor	0.2034
R_work r_work	0.2003
R_free r_free	0.2372

fit	/app/data/saxs_computation/jl/6jlh/6jlh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jl/6jlh/6jlh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jl/6jlh/6jlh.dat

Structure of SCGN in complex with a Snap25 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Secretagogin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Synaptosomal-associated protein 25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)