SAXSdb — 6jmh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

Bacillus megaterium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX × 1 ;(2S)-2-[[(1R,4aR,4bR,10aR)-1,4a-dimethyl-7-propan-2-yl-2,3,4,4b,5,6,10,10a-octahydrophenanthren-1-yl]carbonylamino]-3-( 1H-indol-3-yl)propanoic acid ; × 1 GLYCEROL × 11 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX × 1 ;(2S)-2-[[(1R,4aR,4bR,10aR)-1,4a-dimethyl-7-propan-2-yl-2,3,4,4b,5,6,10,10a-octahydrophenanthren-1-yl]carbonylamino]-3-( 1H-indol-3-yl)propanoic acid ; × 1 GLYCEROL × 11 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPXB_BACMB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456 作者链 B； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jmh
沉积日期 deposition_date	2019-03-10
结构标题 title	Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 Haem Domain with N-Abietoyl-L-Tryptophan
关键词 keywords	Monooxygenase, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6jmh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6jmh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6jmh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.56 Å
Rg（电子密度）	22.18 Å
总 Rg	23.10 Å
原子数	3825
残基数	455
排除体积	68558 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6jmh__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6jmh__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
分子量 formula_weight	52300.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1,1.6.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8942

MTIKEMPQPKTFGELKNLPLLNTDKPVQALMKIADELGEIFKFEAPGRVTRYLSSQRLIKEACDESRFDKNLSQALKFVRDFAGDGLFTSWTHEKNWKKAHNILLPSFSQQAMKGYHAMMVDIAVQLVQKWERLNADEHIEVPEDMTRLTLDTIGLCGFNYRFNSFYRDQPHPFITSMVRALDEAMNKLQRANPDDPAYDENKRQFQEDIKVMNDLVDKIIADRKASGEQSDDLLTHMLNGKDPETGEPLDDENIRYQIITFLIAGHETTSGLLSFALYFLVKNPHVLQKAAEEAARVLVDPVPSYKQVKQLKYVGMVLNEALRLWPTAPAFSLYAKEDTVLGGEYPLEKGDELMVLIPQLHRDKTIWGDDVEEFRPERFENPSAIPQHAFKPFGNGQRACIGQQFALHEATLVLGMMLKHFDFEDHTNYELDIKETLTLKPEGFVVKAKSKKIPL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX
分子量 formula_weight	676.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2S)-2-[[(1R,4aR,4bR,10aR)-1,4a-dimethyl-7-propan-2-yl-2,3,4,4b,5,6,10,10a-octahydrophenanthren-1-yl]carbonylamino]-3-( 1H-indol-3-yl)propanoic acid ;
分子量 formula_weight	488.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	766

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6jmha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	d6jmhb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6jmhA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	6jmhB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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晶胞边长 a length_a	58.967 Å
晶胞边长 b length_b	148.910 Å
晶胞边长 c length_c	63.536 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.460 Å
最低分辨率 resolution_low	48.080 Å
R 因子 r_factor	0.1280
R_work r_work	0.1260
R_free r_free	0.1680

Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 Haem Domain with N-Abietoyl-L-Tryptophan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jmh__assembly_1__model_1

6jmh__assembly_1__model_1 | I(q)

6jmh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Oxomolybdenum Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 Haem Domain with N-Abietoyl-L-Tryptophan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jmh__assembly_1__model_1

6jmh__assembly_1__model_1 | I(q)

6jmh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)