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6jn5

Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS23

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine Beta-Lactamase KPC-2

Klebsiella pneumoniae

UniProt Q93LQ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–289 未记录 BXU [(S)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35% (v/v) Polyethylene glycol 8000 分辨率 1.97 Å R-free 0.316
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 26–289 未记录 BXU [(S)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35% (v/v) Polyethylene glycol 8000 分辨率 1.97 Å R-free 0.316
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 26–289 未记录 BXU [(S)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35% (v/v) Polyethylene glycol 8000 分辨率 1.97 Å R-free 0.316
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 26–289 未记录 BXU [(S)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35% (v/v) Polyethylene glycol 8000 分辨率 1.97 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JN5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2OV5 Crystal structure of the KPC-2 carbapenemase 提交 2007-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 30–290（261 aa）
未记录 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；16% PEG6000, 0.1M bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.190
2OV5 Crystal structure of the KPC-2 carbapenemase 提交 2007-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 30–290（261 aa）
未记录 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；16% PEG6000, 0.1M bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.190
2OV5 Crystal structure of the KPC-2 carbapenemase 提交 2007-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 30–290（261 aa）
未记录 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；16% PEG6000, 0.1M bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.190
3E2K Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) 提交 2008-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–293（264 aa） 片段：UNP residues 30-293
突变：G175S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；20% PEG 8000, 4% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3E2K Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) 提交 2008-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 30–293（264 aa） 片段：UNP residues 30-293
突变：G175S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；20% PEG 8000, 4% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3E2L Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) 提交 2008-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–293（264 aa） 片段：UNP residues 30-293
突变：G175S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；20% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.87 Å R-free 0.213
3E2L Crystal Structure of the KPC-2 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) 提交 2008-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 30–293（264 aa） 片段：UNP residues 30-293
突变：G175S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；20% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100mM citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.87 Å R-free 0.213
6J8Q Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–289（264 aa）
未记录 BHU [[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methylboronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32% to 35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 1.79 Å R-free 0.205
6J8Q Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–289（264 aa）
未记录 BHU [[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methylboronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32% to 35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 1.79 Å R-free 0.205
6J8Q Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 26–289（264 aa）
未记录 BHU [[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methylboronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ACY ACETIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32% to 35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 1.79 Å R-free 0.205
6J8Q Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–289（264 aa）
未记录 BHU [[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methylboronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ACY ACETIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32% to 35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 1.79 Å R-free 0.205
6JN3 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS05 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–289（264 aa）
未记录 BX6 [(1R)-1-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]-2-phenyl-ethyl]boronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.22 Å R-free 0.201
6JN3 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS05 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–289（264 aa）
未记录 BX6 [(1R)-1-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]-2-phenyl-ethyl]boronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.22 Å R-free 0.201
6JN3 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS05 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 26–289（264 aa）
未记录 BX6 [(1R)-1-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]-2-phenyl-ethyl]boronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.22 Å R-free 0.201
6JN3 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS05 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–289（264 aa）
未记录 BX6 [(1R)-1-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]-2-phenyl-ethyl]boronic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.22 Å R-free 0.201
6JN4 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–289（264 aa）
未记录 BX9 [(R)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 ACT ACETATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6JN4 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–289（264 aa）
未记录 BX9 [(R)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 ACT ACETATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6JN4 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 26–289（264 aa）
未记录 BX9 [(R)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 ACT ACETATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
6JN4 Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 提交 2019-03-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–289（264 aa）
未记录 BX9 [(R)-(4-fluorophenyl)-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]methyl]boronic acid × 1 ACT ACETATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Lithium Sulphate, 0.05M Sodium Acetate (pH 4.5), 32-35 % (v/v) Polyethylene glycol 8000
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
7E9A Crystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid (4a-(S)) 提交 2021-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–289（264 aa）
未记录 J00 2-[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]prop-2-enoic acid × 1 ACY ACETIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.25 Å R-free 0.221
7E9A Crystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid (4a-(S)) 提交 2021-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–289（264 aa）
未记录 J00 2-[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]prop-2-enoic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.25 Å R-free 0.221
7E9A Crystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid (4a-(S)) 提交 2021-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 26–289（264 aa）
未记录 J00 2-[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]prop-2-enoic acid × 1 ACY ACETIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.25 Å R-free 0.221
7E9A Crystal structure of KPC-2 in complex with (S)-2-(1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acrylic acid (4a-(S)) 提交 2021-03-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–289（264 aa）
未记录 J00 2-[(3S)-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]prop-2-enoic acid × 1 ACY ACETIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32-35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5)
分辨率 2.25 Å R-free 0.221
7LJK Crystal structure of the deacylation deficient KPC-2 F72Y mutant 提交 2021-01-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–289（264 aa）
突变：F72Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG 8,000, 0.1M KsCN, 0.1M Sodium Acetate pH:4.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.197
7LJK Crystal structure of the deacylation deficient KPC-2 F72Y mutant 提交 2021-01-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 26–289（264 aa）
突变：F72Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；25% PEG 8,000, 0.1M KsCN, 0.1M Sodium Acetate pH:4.5
分辨率 1.81 Å R-free 0.197
7LK8 Crystal structure of KPC-2 T215P mutant 提交 2021-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 30–289（260 aa）
突变：T215P NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.15；298 K；2.5M NaCl, 0.1M Sodium Acetate pH:5.15
分辨率 1.43 Å R-free 0.186
7LK8 Crystal structure of KPC-2 T215P mutant 提交 2021-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 30–289（260 aa）
突变：T215P NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.15；298 K；2.5M NaCl, 0.1M Sodium Acetate pH:5.15
分辨率 1.43 Å R-free 0.186

共 9 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q93LQ9_KLEPN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289 作者链 D； PDB构建体 1–264； UniProt 26–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6jn5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6jn5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6jn5
沉积日期 deposition_date2019-03-13
结构标题 titleSerine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS23
关键词 keywordsBeta-lactamase, Serine-beta-lactamase KPC-2, KPC-2, Carbapenemase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.51 Å
零角强度 I(0) i0196087000.00
分子量 molecular_weight111950.0 kDa
排除体积 excluded_volume139960 ų
包络体积 envelope_volume166770 ų
水化壳体积 shell_volume42375 ų
包络直径 envelope_diameter109.0 Å
壳层 Rg shell_rg39.55 Å
包络 Rg envelope_rg32.48 Å
形状 Rg shape_rg32.50 Å
总 Rg total_rg33.06 Å
总原子数 total_atoms7891
残基数 n_residues1049
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.9 Å
Rg (实空间) rg_real32.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal196100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9047
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.5 Å
偏度 Skewness skewness0.148
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha147400000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.948
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6jn5a_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6jn5b_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6jn5c_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6jn5d_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6jn5A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6jn5B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6jn5C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6jn5D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)