SAXSdb — 6jpw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NS3 protease × 1 （A0A142IX72） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NS3 protease × 1 （A0A142IX72） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NS3 protease × 1 （A0A142IX72） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NS3 protease × 1 （A0A142IX72） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–53； UniProt 1414–1464 作者链 C； PDB构建体 3–53； UniProt 1414–1464 作者链 E； PDB构建体 3–53； UniProt 1414–1464 作者链 G； PDB构建体 3–53； UniProt 1414–1464

NS3 protease

Zika virus (strain Mr 766)

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A142IX72_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–178； UniProt 1497–1673 作者链 D； PDB构建体 2–178； UniProt 1497–1673 作者链 F； PDB构建体 2–178； UniProt 1497–1673 作者链 H； PDB构建体 2–178； UniProt 1497–1673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jpw
沉积日期 deposition_date	2019-03-28
结构标题 title	Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C
关键词 keywords	Viral protease, Protease inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6jpw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6jpw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6jpw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.92 Å
Rg（电子密度）	15.73 Å
总 Rg	16.86 Å
原子数	1409
残基数	192
排除体积	24937 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6jpw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6jpw__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6jpw__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6jpw__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine protease subunit NS2B
分子量 formula_weight	5865.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	6371

MTGKSVDMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVEEDGPPMRE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NS3 protease
分子量 formula_weight	19037.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GSGALWDVPAPKEVKKGETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKREEETPVE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus (strain Mr 766)
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS
分子量 formula_weight	854.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

SXGKRK

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	303

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6jpwB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6jpwB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6jpwD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6jpwD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6jpwF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6jpwF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6jpwH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6jpwH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	60.107 Å
晶胞边长 b length_b	60.473 Å
晶胞边长 c length_c	215.488 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.951 Å
最低分辨率 resolution_low	46.261 Å
R 因子 r_factor	0.1701
R_work r_work	0.1688
R_free r_free	0.2055

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jpw__assembly_1__model_1

6jpw__assembly_1__model_1 | I(q)

6jpw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jpw__assembly_1__model_1

6jpw__assembly_1__model_1 | I(q)

6jpw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)