SAXSdb — 6jwp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein GTR1

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–310	未记录	GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–310	未记录	GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3R7W Crystal Structure of Gtr1p-Gtr2p complex 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–310（303 aa）片段：residues 8-310	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1M HEPES, 10% PEG monomethyl ether 5000, 5%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.77 Å R-free 0.283
3R7W Crystal Structure of Gtr1p-Gtr2p complex 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 8–310（303 aa）片段：residues 8-310	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1M HEPES, 10% PEG monomethyl ether 5000, 5%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.77 Å R-free 0.283
4ARZ The crystal structure of Gtr1p-Gtr2p complexed with GTP-GDP 提交 2012-04-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.272
9H4Q Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC 提交 2024-10-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 a 1–310（310 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 a 1–310（310 aa）链 b 1–310（310 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GTR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–312； UniProt 1–310 作者链 F； PDB构建体 3–312； UniProt 1–310

GTP-binding protein GTR2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P53290

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–341	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–341	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3R7W Crystal Structure of Gtr1p-Gtr2p complex 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–341（331 aa）片段：residues 11-341	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1M HEPES, 10% PEG monomethyl ether 5000, 5%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.77 Å R-free 0.283
3R7W Crystal Structure of Gtr1p-Gtr2p complex 提交 2011-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–341（331 aa）片段：residues 11-341	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1M HEPES, 10% PEG monomethyl ether 5000, 5%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.77 Å R-free 0.283
4ARZ The crystal structure of Gtr1p-Gtr2p complexed with GTP-GDP 提交 2012-04-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–341（341 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.272
9H4Q Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC 提交 2024-10-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 c 1–341（341 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 c 1–341（341 aa）链 d 1–341（341 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GTR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–345； UniProt 1–341 作者链 G； PDB构建体 5–345； UniProt 1–341

Protein MEH1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q02205

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 33–184	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 33–184	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Ego2 × 1 （Q3E830） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XPM Crystal structure of EGO-TC 提交 2015-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 146–184（39 aa）片段：UNP RESIDUES 146-184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
9H4Q Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC 提交 2024-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 R 1–184（184 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 R 1–184（184 aa）链 S 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–129； UniProt 33–184 作者链 H； PDB构建体 2–129； UniProt 33–184

Ego2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q3E830

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–75	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–75	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Protein SLM4 × 1 （P38247） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XPM Crystal structure of EGO-TC 提交 2015-01-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–75（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
9H4Q Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC 提交 2024-10-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 U 1–75（75 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 U 1–75（75 aa）链 W 1–75（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YC075_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 I； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

Protein SLM4

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P38247

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–162	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–162	未记录	GTP-binding protein GTR1 × 1 （Q00582） GTP-binding protein GTR2 × 1 （P53290） Protein MEH1 × 1 （Q02205） Ego2 × 1 （Q3E830） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6JWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LGO Structure of Gse1p, member of the GSE/EGO complex 提交 2010-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；293 K；100 mM sodium citrate buffer, pH 2.0, 500-800 mM ammonium sulfate, 200 mM lithium sulfate, 200-350 mM L-arginine-HCl, pH 5.75, 5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.351
3LGO Structure of Gse1p, member of the GSE/EGO complex 提交 2010-01-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–162（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；293 K；100 mM sodium citrate buffer, pH 2.0, 500-800 mM ammonium sulfate, 200 mM lithium sulfate, 200-350 mM L-arginine-HCl, pH 5.75, 5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.351
4FTX Crystal structure of Ego3 homodimer 提交 2012-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–162（162 aa）链 B 1–162（162 aa）	未记录	SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；35% tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
4FUW Crystal structure of Ego3 mutant 提交 2012-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–162（162 aa）链 B 1–162（162 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate, 10% 1,4-dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
4XPM Crystal structure of EGO-TC 提交 2015-01-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–162（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
9H4Q Cryo-EM structure of the SEAC wing - EGOC 提交 2024-10-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 Y 1–162（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 Y 1–162（162 aa）链 Z 1–162（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLM4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 J； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jwp
沉积日期 deposition_date	2019-04-21
结构标题 title	crystal structure of EGOC
关键词 keywords	EGOC, roadblock domain, Gtr1, TORC1, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.30 Å
零角强度 I(0) i0	493792000.00
分子量 molecular_weight	187170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	235330 Å³
包络体积 envelope_volume	347390 Å³
水化壳体积 shell_volume	55705 Å³
包络直径 envelope_diameter	237.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.79 Å
包络 Rg envelope_rg	59.62 Å
形状 Rg shape_rg	60.34 Å
总 Rg total_rg	59.83 Å
总原子数 total_atoms	13142
残基数 n_residues	1671
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.5 Å
Rg (实空间) rg_real	59.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	492100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7612
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.715
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.004
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0034
最高正则化参数 α highest_alpha	16610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.609; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.442; Smooth: 0.624

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein GTR1
分子量 formula_weight	36117.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	13142

SHMSSNNRKKLLLMGRSGSGKSSMRSIIFSNYSAFDTRRLGATIDVEHSHLRFLGNMTLNLWDCGGQDVFMENYFTKQKDHIFQMVQVLIHVFDVESTEVLKDIEIFAKALKQLRKYSPDAKIFVLLHKMDLVQLDKREELFQIMMKNLSETSSEFGFPNLIGFPTSIWDESLYKAWSQIVCSLIPNMSNHQSNLKKFKEIMNALEIILFERTTFLVICSSNGENSNENHDSSDNNNVLLDPKRFEKISNIMKNFKQSCTKLKSGFKTLILNNNIYVSELSSNMVCFIVLKDMNIPQELVLENIKKAKEFFQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GTP-binding protein GTR2
分子量 formula_weight	39092.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MGIRMSLEATDSKAMVLLMGVRRCGKSSICKVVFHNMQPLDTLYLESTSNPSLEHFSTLIDLAVMELPGQLNYFEPSYDSERLFKSVGALVYVIDSQDEYINAITNLAMIIEYAYKVNPSINIEVLIHKVDGLSEDFKVDAQRDIMQRTGEELLELGLDGVQVSFYLTSIFDHSIYEAFSRIVQKLIPELSFLENMLDNLIQHSKIEKAFLFDVNSKIYVSTDSNPVDIQMYEVCSEFIDVTIDLFDLYKAPVLRNSQKSSDKDNVINPRNELQNVSQLANGVIIYLRQMIRGLALVAIIRPNGTDMESCLTVADYNIDIFKKGLEDIWANARASQAKNSIEDDV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein MEH1
分子量 formula_weight	14471.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MANDEYDAEQMRLKEHEHEQKLLAREQELRDIVANTNDKLIDISMINNSGIVIQGTDLQEALDKRQPSSGSAQATTHQTAPRTNTFTLLTSPDSAKISKEQLKKLHSNILNEIFSQSQVNKPGPLTVPF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ego2
分子量 formula_weight	8104.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

MEAEKQSDIKGTIAFDTHGNVIESTGVGSQRIEDIGDLSKVTLDAEGFAQVQGDSLLVHLYKRNDITLAVYTSAQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein SLM4
分子量 formula_weight	18371.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

MVMLHSKNVKGFLENTLKPYDLHSVDFKTSSLQSSMIITATNGGILSYATSNNDVPKNSINEINSVNNLKMMSLLIKDKWSEDENDTEEQHSNSCYPVEIDSFKTKIYTYEMEDLHTCVAQIPNSDLLLLFIAEGSFPYGLLVIKIERAMRELTDLFGYKLG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	6jwpA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	6jwpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6jwpB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	6jwpD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1840 — Profilin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YNR034W-A-like

结构域编号 domain_id	6jwpF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	6jwpG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 —

结构域编号 domain_id	6jwpI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1840 — Profilin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YNR034W-A-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.675 Å
晶胞边长 b length_b	120.547 Å
晶胞边长 c length_c	323.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.240 Å
R 因子 r_factor	0.2329
R_work r_work	0.2301
R_free r_free	0.2854

fit	/app/data/saxs_computation/jw/6jwp/6jwp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/6jwp/6jwp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/6jwp/6jwp.dat

crystal structure of EGOC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein GTR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GTP-binding protein GTR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein MEH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ego2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein SLM4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)