SAXSdb — 6jze

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small vasohibin-binding protein × 1 （Q8N300） 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VASH2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 47–355

Small vasohibin-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q8N300

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 × 1 （Q8C5G2） 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SVBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 23–88； UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jze
沉积日期 deposition_date	2019-05-01
结构标题 title	Crystal structure of VASH2-SVBP complex with the magic triangle I3C
关键词 keywords	VASH2, SVBP, tubulin detyrosination, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6jze__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6jze__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6jze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.11 Å
Rg（电子密度）	20.04 Å
总 Rg	21.03 Å
原子数	2443
残基数	289
排除体积	43868 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6jze__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
分子量 formula_weight	35812.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2520

VLFHVNKSGFPIDSHTWERMWLHVAKVHPRGGEMVGAIRNAAFLAKPSIPQVPNYRLSMTIPDWLQAIQNYMKTLQYNHTGTQFFEIRKMRPLSGLMETAKEMTRESLPIKCLEAVILGIYLTNGQPSIERFPISFKTYFSGNYFHHVVLGIYCNGYYGSLGMSRRAELMDKPLTFRTLSDLVFDFEDSYKKYLHTVKKVKIGLYVPHEPHSFQPIEWKQLVLNVSKMLRADIRKELEKYARDMRMKILKPASAHSPTQVRSRGKSLSPRRRQASPPRRLGRRDKSPALTEKKVADLGTLNEVGYQIRI

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small vasohibin-binding protein
分子量 formula_weight	10347.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHHHHHSGDEVDAGSGHMDPPARKEKTKVKESVSRVEKAKQKSAQQELKQRQRAEIYALNRVMTELEQQQFDEFCKQMQPPGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
分子量 formula_weight	558.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

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晶胞边长 a length_a	72.690 Å
晶胞边长 b length_b	111.115 Å
晶胞边长 c length_c	126.454 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	41.730 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of VASH2-SVBP complex with the magic triangle I3C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small vasohibin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jze__assembly_1__model_1

6jze__assembly_1__model_1 | I(q)

6jze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of VASH2-SVBP complex with the magic triangle I3C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small vasohibin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jze__assembly_1__model_1

6jze__assembly_1__model_1 | I(q)

6jze__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)