6k0a

cryo-EM structure of an archaeal Ribonuclease P

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease P protein component 2

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Ribonuclease P protein component 3 × 2 （Q58539） Ribonuclease P protein component 1 × 2 （Q57903） Ribonuclease P protein component 4 × 2 （Q58372） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （P54066） RPR × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNP2_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

Ribonuclease P protein component 3

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

UniProt Q58539

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Ribonuclease P protein component 2 × 2 （Q57917） Ribonuclease P protein component 1 × 2 （Q57903） Ribonuclease P protein component 4 × 2 （Q58372） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （P54066） RPR × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNP3_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 D； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

Ribonuclease P protein component 1

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

UniProt Q57903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Ribonuclease P protein component 2 × 2 （Q57917） Ribonuclease P protein component 3 × 2 （Q58539） Ribonuclease P protein component 4 × 2 （Q58372） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （P54066） RPR × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RNP1_METJA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95 作者链 F； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

Ribonuclease P protein component 4

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

UniProt Q58372

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Ribonuclease P protein component 2 × 2 （Q57917） Ribonuclease P protein component 3 × 2 （Q58539） Ribonuclease P protein component 1 × 2 （Q57903） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （P54066） RPR × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNP4_METJA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 H； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

50S ribosomal protein L7Ae

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

UniProt P54066

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Ribonuclease P protein component 2 × 2 （Q57917） Ribonuclease P protein component 3 × 2 （Q58539） Ribonuclease P protein component 1 × 2 （Q57903） Ribonuclease P protein component 4 × 2 （Q58372） RPR × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7A_METJA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 J； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6k0a
沉积日期 deposition_date	2019-05-05
结构标题 title	cryo-EM structure of an archaeal Ribonuclease P
关键词 keywords	Ribonuclease P, RNA-protein complex, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6k0a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6k0a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6k0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.48 Å
Rg（电子密度）	63.77 Å
总 Rg	63.77 Å
原子数	22276
残基数	1880
排除体积	360530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6k0a__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease P protein component 2
分子量 formula_weight	15972.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22276

MIEMLKTLPPTLREKKRYIAFKILYDEELKEGEVVNLIRKAVLEYYGSWGTSKANPWLVYYDFPYGILRCQRDNVDYVKASLILIREFKEKPVNIICLGVSGTIRKAKIKFLGIKKPKRWFVIRRERLKAKKQK

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonuclease P protein component 3
分子量 formula_weight	27394.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MRIDINRIEKEEDIKLLKELKWNGFVFYQYDDEFSKDRYEEVKAIAESYKLKVYSGVKIKTESSKQLRDKVKKFRNKCHIILIEGGVLKINRAAVELHDVDILSTPELGRKDSGIDHVLARLASNHRVAIELNFKTLLNKDGYERARTLLFFRNNLKLAKKFDVPVVISTDAENKYQIKNPYDLRAFLNTLVEPLYAKKIMETAYKICDFRDYLMRDNVVRYGVEIIKEEKE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribonuclease P protein component 1
分子量 formula_weight	10910.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MITPHNILRHELIGLKVEIVEAKNKAMIGIKGKVVDETRNTLVIEKEDGREVVIPKDIAVFLFQLKGCKVKVDGRLLIGRPEERLKKKIKILYPY

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ribonuclease P protein component 4
分子量 formula_weight	15610.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MKKFLEKKLKKIAYERIDILMSLAEEEAKKGNWDRAKRYVYLARRIAMKMRIRFPKKWKRRICKKCGTFLLYGRNARVRIKSKRYPHVVITCLECGAIYRIPMIREKKEKRRKKLEERLKAKSNSQTS

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	12703.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MAVYVKFKVPEEIQKELLDAVAKAQKIKKGANEVTKAVERGIAKLVIIAEDVKPEEVVAHLPYLCEEKGIPYAYVASKQDLGKAAGLEVAASSVAIINEGDAEELKVLIEKVNVLKQ

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RPR
分子量 formula_weight	83581.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X,Y

GGAGGGGGCUGGUGACUUUCCCCUCUUUAAGAGGGGAGGAAGUUCCGCCCACCCCAUUUAUGGGCAGCGUCCCCUGAGAAGGGGCGGGAGAUGCAGCAGAAACGACACGGCUCCGGAAGAGAUGACGAUGAUAGUGAAAGUUGAGGACUUCCGGAGAACCGGUGAAACGGGCAUCUCCCCUGCCCGGGGUGCAAGCCGGUUUCGGCGCUUAGCCGAAUGUCACCGAAAUUACAGAAGGCGGGCUAUAGCCCCCAUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	84800

cryo-EM structure of an archaeal Ribonuclease P

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease P protein component 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease P protein component 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease P protein component 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonuclease P protein component 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6k0a__assembly_1__model_1

6k0a__assembly_1__model_1 | I(q)

6k0a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)