6k0r

Ruvbl1-Ruvbl2 with truncated domain II in complex with phosphorylated Cordycepin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1,RuvB-like 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 2,RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 [(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 4 MAGNESIUM ION × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 2,RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） [(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 4 MAGNESIUM ION × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 [(2~{R},3~{S},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 A； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456 作者链 B； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 B； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456 作者链 C； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 C； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456 作者链 G； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 G； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456 作者链 H； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 H； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456 作者链 I； PDB构建体 4–128； UniProt 2–126 作者链 I； PDB构建体 133–355； UniProt 234–456

RuvB-like 2,RuvB-like 2

Homo sapiens

UniProt Q9Y230

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 1,RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 [(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 4 MAGNESIUM ION × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	RuvB-like 1,RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） [(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 4 MAGNESIUM ION × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 [(2~{R},3~{S},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 D； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463 作者链 E； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 E； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463 作者链 F； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 F； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463 作者链 J； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 J； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463 作者链 K； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 K； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463 作者链 L； PDB构建体 4–136； UniProt 1–133 作者链 L； PDB构建体 141–366； UniProt 238–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6k0r
沉积日期 deposition_date	2019-05-07
结构标题 title	Ruvbl1-Ruvbl2 with truncated domain II in complex with phosphorylated Cordycepin
关键词 keywords	ATPase, Cordycepin, CIRCADIAN CLOCK PROTEIN; CIRCADIAN CLOCK PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6k0r__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6k0r__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6k0r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.80 Å
Rg（电子密度）	39.92 Å
总 Rg	40.28 Å
原子数	13415
残基数	1844
排除体积	238400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6k0r__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6k0r__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RuvB-like 1,RuvB-like 1
分子量 formula_weight	38840.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,G,H,I
原子数 atom_count	27180

GPSKIEEVKSTTKTQRIASHSHVKGLGLDESGLAKQAASGLVGQENAREACGVIVELIKSKKMAGRAVLLAGPPGTGKTALALAIAQELGSKVPFCPMVGSEVYSTEIKKTEVLMENFRRAIGLRIKEGPPGIIQDVTLHDLDVANARPQGGQDILSMMGQLMKPKKTEITDKLRGEINKVVNKYIDQGIAELVPGVLFVDEVHMLDIECFTYLHRALESSIAPIVIFASNRGNCVIRGTEDITSPHGIPLDLLDRVMIIRTMLYTPQEMKQIIKIRAQTEGINISEEALNHLGEIGTKTTLRYSVQLLTPANLLAKINGKDSIEKEHVEEISELFYDAKSSAKILADQQDKYMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RuvB-like 2,RuvB-like 2
分子量 formula_weight	40264.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,J,K,L

GGSMATVTATTKVPEIRDVTRIERIGAHSHIRGLGLDDALEPRQASQGMVGQLAARRAAGVVLEMIREGKIAGRAVLIAGQPGTGKTAIAMGMAQALGPDTPFTAIAGSEIFSLEMSKTEALTQAFRRSIGVRIKEGPPGVVHTVSLHEIDVINSRTQGFLALFSGDTGEIKSEVREQINAKVAEWREEGKAEIIPGVLFIDEVHMLDIESFSFLNRALESDMAPVLIMATNRGITRIRGTSYQSPHGIPIDLLDRLLIVSTTPYSEKDTKQILRIRCEEEDVEMSEDAYTVLTRIGLETSLRYAIQLITAASLVCRKRKGTEVQVDDIKRVYSLFLDESRSTQYMKEYQDAFLFNELKGETMDTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	[(2~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	411.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{S})-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	294.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6k0rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6k0rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6k0rC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6k0rG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6k0rH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6k0rI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6k0rI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

▶

晶胞边长 a length_a	110.304 Å
晶胞边长 b length_b	186.424 Å
晶胞边长 c length_c	235.176 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.502 Å
最低分辨率 resolution_low	49.720 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2690

Ruvbl1-Ruvbl2 with truncated domain II in complex with phosphorylated Cordycepin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1,RuvB-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RuvB-like 2,RuvB-like 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6k0r__assembly_2__model_1

6k0r__assembly_2__model_1 | I(q)

6k0r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Ruvbl1-Ruvbl2 with truncated domain II in complex with phosphorylated Cordycepin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like 1,RuvB-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RuvB-like 2,RuvB-like 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6k0r__assembly_2__model_1

6k0r__assembly_2__model_1 | I(q)

6k0r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)