6k32

RdRp complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

Cypovirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	Viral structural protein 4 × 1 （C7EWL9） ;RNA (5'-R(PUPUPAPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-D((3PO))-R(APG)-3' ; × 1 VP1 × 1 （D3JWE6） VP1 × 3 （D3JWE6） VP1 × 1 （D3JWE6） MAGNESIUM ION × 2 7-METHYLGUANOSINE × 1 DIPHOSPHATE × 1 ;2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) ; × 1 ;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0EZK6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1208； UniProt 5–1212

Viral structural protein 4

Cypovirus 1

UniProt C7EWL9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	RNA-dependent RNA polymerase × 1 （D0EZK6） ;RNA (5'-R(PUPUPAPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-D((3PO))-R(APG)-3' ; × 1 VP1 × 1 （D3JWE6） VP1 × 3 （D3JWE6） VP1 × 1 （D3JWE6） MAGNESIUM ION × 2 7-METHYLGUANOSINE × 1 DIPHOSPHATE × 1 ;2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) ; × 1 ;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C7EWL9_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–559； UniProt 2–560

VP1

Cypovirus 1

UniProt D3JWE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 2	RNA-dependent RNA polymerase × 1 （D0EZK6） Viral structural protein 4 × 1 （C7EWL9） ;RNA (5'-R(PUPUPAPCPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-D((3PO))-R(APG)-3' ; × 1 MAGNESIUM ION × 2 7-METHYLGUANOSINE × 1 DIPHOSPHATE × 1 ;2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) ; × 1 ;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3JWE6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	5, 6, 7
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1220； UniProt 114–1333 作者链 D； PDB构建体 1–1205； UniProt 129–1333 作者链 E； PDB构建体 1–1205； UniProt 129–1333 作者链 F； PDB构建体 1–1205； UniProt 129–1333 作者链 G； PDB构建体 1–1226； UniProt 108–1333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6k32
沉积日期 deposition_date	2019-05-16
结构标题 title	RdRp complex
关键词 keywords	Cypovirus, Transcription, RNA-dependent RNA polymerase, VIRAL PROTEIN-RNA complex; VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6k32__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6k32__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6k32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	82.13 Å
Rg（电子密度）	81.99 Å
总 Rg	81.93 Å
原子数	61364
残基数	7730
排除体积	1089300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6k32__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	137058.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	61364

TKLHNTIFSETRKFTRESFKEIEHLTARLANDRVARHDFLFNTSIVLISDYSGEDSNGNQLQATITIPNEIINPKEYDPSDYPLAEDESFFKQGHKYDYLVTFRAGSLTNTYEPKTKMYKLHAALDKLMHVKQRKSRFADLWRELCAVIASLDVWYQTTNYPLRTYVKLLFHKGDEFPFYESPSQDRIIFNDKSVASILPTFVYTCCQVGTAIMSGILTHVESIVAMNHFLHCAKDSYIDEKLKIKGIGRSWYQEALHNVCQATVPVWSQFNEVIGHRTKSTSEPHFVSSTFISLRAKRAELLYPEFNAYINRAIQLSKTQNDVANYYAACRAMTNDGTFLATLTELSLDAAVFPRIEQHLVTRPAVLMSNTRHESLKQKYTNGVGSIAQSYLSSFTDEIAKRVNGRHHDEAWLNFLTTSSPGRKLTEIEKLEVGGDVAAWSNSRIVMQAVFAREYRTPERIFKSLKAPIKLVERQQSDRRQRAISGLDNDRLFLSFMPYTIGKQIYELNDNAAQGKQAGNAFDIGEMLYWTSQRNVLLSSIDVAGMDASVTTNTKDIYNTFVLDVASKCTVPRFGPYYAKNMEVFEAGNRQSQVRYVNAAWQACALEAANSQTSTSYESEIFGQVKNAEGTYPSGRADTSTHHTVLLQGLVRGNELKRASDGKNSCLATIKILGDDIMEIFQGSESDTYDHAVSNASILNESGFATTAELSQNSIVLLQQLVVNGTFWGFADRISLWTREDTKDIGRLNLAMMELNALIDDLVFRVRRPEGLKMLGFFCGAICLRRFTLSVDNKLYDSTYNNLSKYMTLTKYDKNPDSDSTLMSLILPLAWLFMPRGGEYPAYPFERRDGTFTEDESMFTARGAYKRRLLYDVSNIGEMIQQNSMALDDDLLHEYGFTGALLLIDLNILDLIDEVKKEDISPVKVSELATSLEQLGKLGEREKSRRAASDLKIRGHALSNDIVYGYGLQEKIQKSAMATKETTVQSKRVSSRLHDVIVAKTRDYKISTIPADALHLHEFEVEDVTVDLLPHAKHTSYSSLAYNMSFGSDGWFAFALLGGLDRSANLLRLDVASIRGNYHKFSYDDPVFKQGYKIYKSDATLLNDFFTAISAGPKEQGILLRAFAYYSLYGNVEYHYVLSPRQLFFLSDNPVSAERLVRIPPKYYVSTQCRALYNIFSYLHILRSIANNRGKRLKMVLHPGLIAYVRG

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Viral structural protein 4
分子量 formula_weight	63379.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FAIDPLKHSKLYEEYGLYLRPHQINQEIKPTTIKKKELAPTIRSIKYASLIHSMLAEHAARHNGTLINPRMYADMITLGNTKVTVTKGTPKAQIDTLKMNGLTVVSKSRRNNKKKPVSDTTATIDENTNAIVTYKALTEMSTLIESFRLPSGLTLIIFDDEKYQSLIPNYINQLIAYTQPHIIPTWQGIADFSDTYLRSYFKRPFELTASNLAAPQKHNLSPMTRSIFNNTGREDAVIRKLYGYGEYVFIKYEGCLITWTGIYGEVTMMVNLSKRDLGLDVGDDYLKEYKKLLFYGVITDAIPSGISTRSTIMKISPHKMMNPSGGALAVLSKFLEAVVSTNVINATLVVYAEKGAGKTSFLSTYAEQLSLASGQVVGHLSSDAYGRWLAKTKDIEEPSFAYDYVLSLDTDDNESYYEQKASELLMSHGISEVAQYELLSVRKKIKMMDEMNEVLIAQLENADTHSERNFYYMVSTGKTTPRILIVEGHFNAQDATIARTDTTVLLRTINDTTQAMRDRQRGGVVQLFLRDTYYRLLPALHTTVYPFEMLESIKRWKWV

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPAPCP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	1507.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	t

UUACU

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((3PO))-R(AP*G)-3' ;
分子量 formula_weight	869.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	p

XAG

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	136769.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VQSRTDVFNEQFANEALHPMTKVIFNGLDVNTEVQPLSDDFKQISDPKGYLTYSVKYEDQFTKKDKLRASEADDRIVGPTVNLFKYGAAVVNIDLNRDFFDTATGIDLTKGIPLVQDLLVPIGVTAGAEQSAEYVSGLLMVLFKVMTDNRLVIVGETTTPMSNTLSTVVNNVLRTTYHNNVGVNPALLRDFTQVNWLNRDITNMLQQAGTKYGLGLTETRLDYVRLVKTIVGHALNIDHFAASVLNINLRALMEANVTADDRIKALQAHSMISTQFHGPNQGALRPELAFDHDHIIRCLMLAAANYPRLEGIIVQINTGYVASANVIRPVSEKRYFPENLEQNQSAARLVSAVKARASEADISSIHLAIAREVSPMFNVHELKKIAESFEDPSSIVVVLEFILFALFFPTEFNRIKGDIQNVLLLFFSRWYPVEYGIFIQRGATYTINAAGEFEFSGRNEKWDQSLYLSEHFPALFSDVPLAGANTIIAIMRLFTPQGFLRTDDLAIAANFPRASRNPQTYIPYTNQRGTVTNEFASRFRTIVATLANVVNERAVQDDMQKATRSCTKQWLRHLETQFDNIAVAHTDHLSVVYATMSNFMLNFTNNFSGNHATFKPDQYVITSPEGSYKPIIERQGETVDGLTIIDTSIVWPILCQCTYPLVRQSGKGVDAVSIMEEIVYPDPSTTLSQSLSVAQVLSKLTLPDAFINMILSGGDSVVMRTYQTEADDDLDEGIRMTTYDQYLSHIRERLHITNVPDPIYITGASTPDQIAASVQATHVAVVLYQSGVINGSASTYLRENEVLVVMPDYYDVVSRFANANLQMNNNRYHESVLEIADIFDQADFIQTSDAVRQLRALMPTLSTSQIRHAIERIAQITDVDSTDYGKLTLRFLGTLTRSLKMQNAQIRRIRPDGTVLRYDDQIDIEAFRWSRYFLDELRLRRLSVGLRLITNPRIARRFDGVRIMYLTDDDPDPDFVPDVPEGYVAVQYAHRLFSSSLANKRNRVTYTHPPTGMAYPSPTGRPHVHMTINERAGMSKLVADNIIASVIKSNWVVDIHDIEYTAEVMTPSEGYTQHVDAESIMTAPKGKLFHLQFMDGLLRPEPSAFDPPASGEDMRLIYPLQPISVARSMRAIVNHNEVDRPRGAVAPSSYEMDTGTLSRNGDLLYSPVANGQVGIPKLEVDHISFSNVVSMMTANIRTGDDMAVERVNPDDVRAINIRNA

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	135002.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ALHPMTKVIFNGLDVNTEVQPLSDDFKQISDPKGYLTYSVKYEDQFTKKDKLRASEADDRIVGPTVNLFKYGAAVVNIDLNRDFFDTATGIDLTKGIPLVQDLLVPIGVTAGAEQSAEYVSGLLMVLFKVMTDNRLVIVGETTTPMSNTLSTVVNNVLRTTYHNNVGVNPALLRDFTQVNWLNRDITNMLQQAGTKYGLGLTETRLDYVRLVKTIVGHALNIDHFAASVLNINLRALMEANVTADDRIKALQAHSMISTQFHGPNQGALRPELAFDHDHIIRCLMLAAANYPRLEGIIVQINTGYVASANVIRPVSEKRYFPENLEQNQSAARLVSAVKARASEADISSIHLAIAREVSPMFNVHELKKIAESFEDPSSIVVVLEFILFALFFPTEFNRIKGDIQNVLLLFFSRWYPVEYGIFIQRGATYTINAAGEFEFSGRNEKWDQSLYLSEHFPALFSDVPLAGANTIIAIMRLFTPQGFLRTDDLAIAANFPRASRNPQTYIPYTNQRGTVTNEFASRFRTIVATLANVVNERAVQDDMQKATRSCTKQWLRHLETQFDNIAVAHTDHLSVVYATMSNFMLNFTNNFSGNHATFKPDQYVITSPEGSYKPIIERQGETVDGLTIIDTSIVWPILCQCTYPLVRQSGKGVDAVSIMEEIVYPDPSTTLSQSLSVAQVLSKLTLPDAFINMILSGGDSVVMRTYQTEADDDLDEGIRMTTYDQYLSHIRERLHITNVPDPIYITGASTPDQIAASVQATHVAVVLYQSGVINGSASTYLRENEVLVVMPDYYDVVSRFANANLQMNNNRYHESVLEIADIFDQADFIQTSDAVRQLRALMPTLSTSQIRHAIERIAQITDVDSTDYGKLTLRFLGTLTRSLKMQNAQIRRIRPDGTVLRYDDQIDIEAFRWSRYFLDELRLRRLSVGLRLITNPRIARRFDGVRIMYLTDDDPDPDFVPDVPEGYVAVQYAHRLFSSSLANKRNRVTYTHPPTGMAYPSPTGRPHVHMTINERAGMSKLVADNIIASVIKSNWVVDIHDIEYTAEVMTPSEGYTQHVDAESIMTAPKGKLFHLQFMDGLLRPEPSAFDPPASGEDMRLIYPLQPISVARSMRAIVNHNEVDRPRGAVAPSSYEMDTGTLSRNGDLLYSPVANGQVGIPKLEVDHISFSNVVSMMTANIRTGDDMAVERVNPDDVRAINIRNA

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	137422.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

KKPPTVVQSRTDVFNEQFANEALHPMTKVIFNGLDVNTEVQPLSDDFKQISDPKGYLTYSVKYEDQFTKKDKLRASEADDRIVGPTVNLFKYGAAVVNIDLNRDFFDTATGIDLTKGIPLVQDLLVPIGVTAGAEQSAEYVSGLLMVLFKVMTDNRLVIVGETTTPMSNTLSTVVNNVLRTTYHNNVGVNPALLRDFTQVNWLNRDITNMLQQAGTKYGLGLTETRLDYVRLVKTIVGHALNIDHFAASVLNINLRALMEANVTADDRIKALQAHSMISTQFHGPNQGALRPELAFDHDHIIRCLMLAAANYPRLEGIIVQINTGYVASANVIRPVSEKRYFPENLEQNQSAARLVSAVKARASEADISSIHLAIAREVSPMFNVHELKKIAESFEDPSSIVVVLEFILFALFFPTEFNRIKGDIQNVLLLFFSRWYPVEYGIFIQRGATYTINAAGEFEFSGRNEKWDQSLYLSEHFPALFSDVPLAGANTIIAIMRLFTPQGFLRTDDLAIAANFPRASRNPQTYIPYTNQRGTVTNEFASRFRTIVATLANVVNERAVQDDMQKATRSCTKQWLRHLETQFDNIAVAHTDHLSVVYATMSNFMLNFTNNFSGNHATFKPDQYVITSPEGSYKPIIERQGETVDGLTIIDTSIVWPILCQCTYPLVRQSGKGVDAVSIMEEIVYPDPSTTLSQSLSVAQVLSKLTLPDAFINMILSGGDSVVMRTYQTEADDDLDEGIRMTTYDQYLSHIRERLHITNVPDPIYITGASTPDQIAASVQATHVAVVLYQSGVINGSASTYLRENEVLVVMPDYYDVVSRFANANLQMNNNRYHESVLEIADIFDQADFIQTSDAVRQLRALMPTLSTSQIRHAIERIAQITDVDSTDYGKLTLRFLGTLTRSLKMQNAQIRRIRPDGTVLRYDDQIDIEAFRWSRYFLDELRLRRLSVGLRLITNPRIARRFDGVRIMYLTDDDPDPDFVPDVPEGYVAVQYAHRLFSSSLANKRNRVTYTHPPTGMAYPSPTGRPHVHMTINERAGMSKLVADNIIASVIKSNWVVDIHDIEYTAEVMTPSEGYTQHVDAESIMTAPKGKLFHLQFMDGLLRPEPSAFDPPASGEDMRLIYPLQPISVARSMRAIVNHNEVDRPRGAVAPSSYEMDTGTLSRNGDLLYSPVANGQVGIPKLEVDHISFSNVVSMMTANIRTGDDMAVERVNPDDVRAINIRNA

来源 Source

来源生物 organism	Cypovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	205895
宿主生物 host_organism	invertebrate environmental sample

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	7-METHYLGUANOSINE
分子量 formula_weight	298.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	173.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	;2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) ;
分子量 formula_weight	361.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	484.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	100000

RdRp complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Viral structural protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6k32__assembly_1__model_1

6k32__assembly_1__model_1 | I(q)

6k32__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)