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6k9l

4.27 Angstrom resolution cryo-EM structure of human dimeric ATM kinase

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine-protein kinase ATM

Homo sapiens

UniProt Q13315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–3056 链 B； UniProt 1–3056 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6K9L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5NP0 Closed dimer of human ATM (Ataxia telangiectasia mutated) 提交 2017-04-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample/grid blotted for 12 s
分辨率 5.70 Å
5NP1 Open protomer of human ATM (Ataxia telangiectasia mutated) 提交 2017-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–3056（3056 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL sample/grid blotted for 12 s before plunge-freezing
分辨率 5.70 Å
6HKA The solution structure of the micelle-associated FATC domain of the human protein kinase ataxia telangiectasia mutated (ATM) 提交 2018-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3024–3056（33 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 13C-15N-hATMfatc, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.4 mM [U-10% 13C] 13C-hATMfatc, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 150 mM [U-100% 2H] DPC, 0.5 mM [U-100% 15N] 15N-hATMfatc, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6K9K Monomeric human ATM (Ataxia telangiectasia mutated) kinase 提交 2019-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–3056（3056 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.82 Å
7NI4 Human ATM kinase domain with bound M4076 inhibitor 提交 2021-02-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 UGK 8-(1,3-dimethylpyrazol-4-yl)-1-(3-fluoranyl-5-methoxy-pyridin-4-yl)-7-methoxy-3-methyl-imidazo[4,5-c]quinolin-2-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7NI5 Human ATM kinase with bound inhibitor KU-55933 提交 2021-02-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
未记录 UF8 2-morpholin-4-yl-6-thianthren-1-yl-pyran-4-one × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.78 Å
7NI6 Human ATM kinase with bound ATPyS 提交 2021-02-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7SIC Human ATM Dimer 提交 2021-10-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.51 Å
7SID Human ATM Dimer Bound to Nbs1 提交 2021-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 C 1–3056（3056 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8OXM ATM(Q2971A) activated by oxidative stress in complex with Mg AMP-PNP and p53 peptide 提交 2023-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
突变：Q2971A 突变：Q2971A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OXO ATM(Q2971A) dimeric C-terminal region activated by oxidative stress in complex with Mg AMP-PNP and p53 peptide 提交 2023-05-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
突变：Q2971A 突变：Q2971A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8OXP ATM(Q2971A) in complex with Mg AMP-PNP 提交 2023-05-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
突变：Q2971A 突变：Q2971A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8OXQ ATM(Q2971A) dimeric C-terminal region in complex with Mg AMP-PNP 提交 2023-05-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–3056（3056 aa）
链 B 1–3056（3056 aa）
突变：Q2971A 突变：Q2971A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATM_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–3056； UniProt 1–3056 作者链 B； PDB构建体 1–3056； UniProt 1–3056

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6k9l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6k9l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6k9l
沉积日期 deposition_date2019-06-16
结构标题 title4.27 Angstrom resolution cryo-EM structure of human dimeric ATM kinase
关键词 keywordsDNA damage response, KInase, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.33 Å
零角强度 I(0) i03285200000.00
分子量 molecular_weight431890.0 kDa
排除体积 excluded_volume518060 ų
包络体积 envelope_volume1077300 ų
水化壳体积 shell_volume135480 ų
包络直径 envelope_diameter220.7 Å
壳层 Rg shell_rg66.22 Å
包络 Rg envelope_rg65.04 Å
形状 Rg shape_rg65.48 Å
总 Rg total_rg64.90 Å
总原子数 total_atoms30601
残基数 n_residues5103
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.9 Å
Rg (实空间) rg_real66.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.60 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3285000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8708
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.6 Å
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.595
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha585600000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.733
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)