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6kbv

Three-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRKP-KYE28

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparin cofactor 2

物种未注明

UniProt P05546

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 192–219 片段：helix D VG16KRKP × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1 NMR样品组成：0.3 uM 1H, natural abundance VG16KRKP, 0.3 uM 1H, natural abundance KYE28, 12 uM 1H, natural abundance 3:1 POPE/POPG vesicles, 55.55 M 1H, natural abundance water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6KBV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JMJ Crystal Structure of Native Heparin Cofactor II 提交 2001-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–499（480 aa）
链 B 20–499（480 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；MgCl2, Tris, PEG 4000, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.255
1JMO Crystal Structure of the Heparin Cofactor II-S195A Thrombin Complex 提交 2001-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–499（480 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；NH4Cl, PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.211
2NAT Structural insights into interaction of KYE28 and lipopolysachharide 提交 2016-01-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–219（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM entity-1, 1 mM TSP-2, 55.5 mM H2O-3, 61.3 mM D2O-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCU NMR structure of KYE21 in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–212（21 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCV NMR structure of RWS21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–212（21 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 192-212
突变：L192R, Y193W, E194S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NCW NMR structure of WWWKYE21 structure in LPS micelles 提交 2016-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 189–212（24 aa） 片段：Glycosaminoglycan-binding site residues 189-212
突变：L192R, Y193W, E194S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM protein, 1 mM DSS, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6J12 Three-dimensional Solution NMR Structure of KYE28-PEG48 in Microgel 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 192–219（28 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.52；298 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 9.8
NMR样品组成 1 mM KYE28-PEG48, 55.5 M Water, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6KBO Three-dimensional LPS bound structure of VG16KRKP-KYE28. 提交 2019-06-26 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 192–219（28 aa） 片段：Helix-D
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.6；压力 1
NMR样品组成 0.3 mM 1H, Natural Abundance VG16KRKP, 0.3 mM 1H, Natural Abundance KYE28, 55.55 M 1H, Natural Abundance Water, 10 uM 1H, Natural Abundance Lipopolysaccharide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–28； UniProt 192–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6kbv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6kbv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6kbv
沉积日期 deposition_date2019-06-26
结构标题 titleThree-dimensional cytoplasmic membrane-bound structure of VG16KRKP-KYE28
关键词 keywordsantimicrobial peptide (AMP), antibiotic resistance, synergism, lipopolysaccharide (LPS), bacterial membrane, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.73 Å
零角强度 I(0) i083938800.00
分子量 molecular_weight79987.0 kDa
排除体积 excluded_volume102150 ų
包络体积 envelope_volume19332 ų
水化壳体积 shell_volume12256 ų
包络直径 envelope_diameter41.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.27 Å
包络 Rg envelope_rg13.39 Å
形状 Rg shape_rg10.64 Å
总 Rg total_rg11.52 Å
总原子数 total_atoms11640
残基数 n_residues660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.4 Å
Rg (实空间) rg_real10.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real8.3940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83940000.0000
解质量估计 total_estimate0.8277
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.4 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.203
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha125500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)