SAXSdb — 6kgz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystathionine gamma-lyase

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–380	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；311 K；Tacsimate, PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6KGZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KHQ bacterial cystathionine gamma-lyase MccB of Staphylococcus aureus with cofactor PLP 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–380（380 aa）链 B 1–380（380 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；288 K；PEG 400, Sodium Acetate	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
9J7P Crystal structure of S. aureus MccB mutant S323A 提交 2024-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–380（380 aa）	突变：S323A	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG400, 2 M ammonium sulfate	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
9J7Q Crystal structure of S. aureus MccB with PLP 提交 2024-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–380（380 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；287.15 K；0.1M Sodium Acetate trihydrate pH4.5, 30% PEG 300	分辨率 1.64 Å R-free 0.201
9J7R Crystal structure of S. aureus MccB mutant K196A 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–380（380 aa）链 B 1–380（380 aa）	突变：K196A 突变：K196A	PGU N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-glutamic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；287.15 K；0.1 M sodium citrate pH 5.5, 22% PEG1000	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
9XLU Crystal structure of Staphylococcus aureus cystathionine gamma-lyase V129G 提交 2025-11-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–380（380 aa）	突变：V129G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287.15 K；16% PEG 3350, 1.5% tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 0.01M sodium azide	分辨率 2.33 Å R-free 0.260

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H3JQ19_STAAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–397； UniProt 1–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kgz
沉积日期 deposition_date	2019-07-12
结构标题 title	bacterial cystathionine gamma-lyase MccB of Staphylococcus aureus
关键词 keywords	Cysteine biosynthesis pathway, MccB, PLP binding protein, Schiff-base, yhrB, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.03 Å
零角强度 I(0) i0	26708700.00
分子量 molecular_weight	39913.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50202 Å³
包络体积 envelope_volume	59399 Å³
水化壳体积 shell_volume	23456 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.90 Å
包络 Rg envelope_rg	21.63 Å
形状 Rg shape_rg	21.04 Å
总 Rg total_rg	21.90 Å
总原子数 total_atoms	2809
残基数 n_residues	368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6083
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.161
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6307000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cystathionine gamma-lyase
分子量 formula_weight	43336.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2861

MHHHHHHENLYFQGAASMNKKTKLIHGGHTTDDYTGAVTTPIYQTSTYLQDDIGDLRQGYEYSRTANPTRSSVESVIAALENGKHGFAFSSGVAAISAVVMLLDKGDHIILNSDVYGGTYRALTKVFTRFGIEVDFVDTTHTDSIVQAIRPTTKMLFIETPSNPLLRVTDIKKSAEIAKEHGLISVVDNTFMTPYYQNPLDLGIDIVLHSATKYLGGHSDVVAGLVATSDDKLAERLAFISNSTGGILGPQDSYLLVRGIKTLGLRMEQINRSVIEIIKMLQAHPAVQQVFHPSIESHLNHDVHMAQADGHTGVIAFEVKNTESAKQLIKATSYYTLAESLGAVESLISVPALMTHASIPADIRAKEGITDGLVRISVGIEDTEDLVDDLKQALDTL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6kgza_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6kgzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	6kgzA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.567 Å
晶胞边长 b length_b	105.567 Å
晶胞边长 c length_c	287.986 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.590 Å
R 因子 r_factor	0.2116
R_work r_work	0.2102
R_free r_free	0.2364

fit	/app/data/saxs_computation/kg/6kgz/6kgz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kg/6kgz/6kgz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kg/6kgz/6kgz.dat

bacterial cystathionine gamma-lyase MccB of Staphylococcus aureus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystathionine gamma-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction