SAXSdb — 6kk2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Zika virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NS3 protease × 1 （A0A142IX72） ;1-[(10~{S},17~{S},20~{S})-17,20-bis(4-azanylbutyl)-4,9,16,19,22-pentakis(oxidanylidene)-3,8,15,18,21-pentazabicyclo[22.2.2]octacosa-1(27),24(28),25-trien-10-yl]guanidine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–53； UniProt 1414–1464

NS3 protease

Zika virus (strain Mr 766)

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） ;1-[(10~{S},17~{S},20~{S})-17,20-bis(4-azanylbutyl)-4,9,16,19,22-pentakis(oxidanylidene)-3,8,15,18,21-pentazabicyclo[22.2.2]octacosa-1(27),24(28),25-trien-10-yl]guanidine ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A142IX72_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–178； UniProt 1497–1673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kk2
沉积日期 deposition_date	2019-07-23
结构标题 title	Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 2
关键词 keywords	Viral protease, Protease inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kk2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kk2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kk2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.84 Å
Rg（电子密度）	15.67 Å
总 Rg	16.80 Å
原子数	1478
残基数	193
排除体积	26202 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6kk2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine protease subunit NS2B
分子量 formula_weight	5865.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1516

MTGKSVDMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVEEDGPPMRE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NS3 protease
分子量 formula_weight	19037.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSGALWDVPAPKEVKKGETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKREEETPVE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus (strain Mr 766)
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;1-[(10~{S},17~{S},20~{S})-17,20-bis(4-azanylbutyl)-4,9,16,19,22-pentakis(oxidanylidene)-3,8,15,18,21-pentazabicyclo[22.2.2]octacosa-1(27),24(28),25-trien-10-yl]guanidine ;
分子量 formula_weight	658.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6kk2a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamily	g.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family family	g.96.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kk2b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6kk2B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6kk2B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	42.413 Å
晶胞边长 b length_b	42.413 Å
晶胞边长 c length_c	215.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	42.400 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2560

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kk2__assembly_1__model_1

6kk2__assembly_1__model_1 | I(q)

6kk2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NS3 protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kk2__assembly_1__model_1

6kk2__assembly_1__model_1 | I(q)

6kk2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)