6knb

PolD-PCNA-DNA (form A)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II small subunit

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase D DP2 (DNA polymerase II large) subunit × 1 DNA polymerase sliding clamp 1 × 3 （Q5JF32） pri25DNA × 1 temp35DNA × 1 FE (III) ION × 1 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JET1_THEKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 65–537； UniProt 263–735

DNA polymerase sliding clamp 1

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)

UniProt Q5JF32

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase II small subunit × 1 （Q5JET1） DNA polymerase D DP2 (DNA polymerase II large) subunit × 1 pri25DNA × 1 temp35DNA × 1 FE (III) ION × 1 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA1_THEKO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 E； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6knb
沉积日期 deposition_date	2019-08-05
结构标题 title	PolD-PCNA-DNA (form A)
关键词 keywords	Family D Polymerase, PCNA, Switch Hook, REPLICATION, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6knb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6knb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6knb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.42 Å
Rg（电子密度）	45.06 Å
总 Rg	45.24 Å
原子数	19581
残基数	2367
排除体积	348140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6knb__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase II small subunit
分子量 formula_weight	60772.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19581

MLVEDLLKNNYLITPSAYYLLSDHYKKAFTLAELIKFAKNRGTFVVDSNLAREFLAEKGIISSGIVYGDYGVPIAYVADETPEEEKAYSTYSDLVIAPKEGFHYRAKEIPDEWELAFDVKNVKFEVPKVKNAQSKEGEVIIQAYSSYFKSRLKKMRRIFRENPEIGTIVDIAKLSYVREDDVTIIGLVNEKRETRKGYLFEIEDATGRIKVFIGSDKEGANEAYSTIMPDSVVAFRGTPGKGIFFANRVFLPDVPKFKRSKPPLEEKVYAILLSDIHVGSNKFCEEAFIKFLEWLNGEVNSRTEEELVSRIKYIIIGGDVVDGVGIYPGQYNELAIPDIFDQYEALANLLKQVPDHITMFIGPGNHDAARTALPQPGFYEEYAKPLYKLKNAVIISNPAVIRLHGRDFLVAHGRGIEDVVDFVPNRSHHRPAEAMVELLKLRHIAPTFGNKVPIAPDPEDTLVIESVPDLFQAGHVHVMQYKTYNGVFVINTGTWQAQTEFQKMVNIIPTPARVPIIDVETARLRAVVRFDQFCEGV

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase D DP2 (DNA polymerase II large) subunit
分子量 formula_weight	150418.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSEEIYSPEMKAYFESLQREIDRAYAIARKARAQGKDPSFDVEVPQATDMAGRVESLVGPPGVAERIRELVKEYGKEIAALKVVDEIIEGKFGDLGSKEKYAEQAVRTALAILTEGIVSAPLEGIADVKIKRNEWADGSEYLALYYAGPIRSSGGTAQALSVLVGDYVRRKLGLDRFKPSDEHIERMVEEVDLYHRAVTRLQYHPEADEVRLAMRNIPIEITGEETDKVEVSHRNVPGVETNHLRGGAILVLAEGVLQKAKKLVKYIDKMGIEGWDWIKEFVEAKEKGKSSEENKDESKAEDTGTESVAEKKENVEKGFYYELYEKFRANIAPNKKYTKEIIGGRPLFAEPSTNGGFRLRYGRSRVSGFATWSVNPATMLILDEFIAIGTQMKTERPGKGCIVTPATTVEGPIVRLKNGSVVRVDDYETALKVRNEVDEILYVGDALVNFGDFVENNQTLLPANYVEEWWVQELVQAIKDLYEVELQPFAENDREAVEEAAEYLEVDPDFLWNLLKDPLRVKPDVETAIHLSTVLDIPFHPYYTLYWNTLQPEEVEELQKALLGAQIEWAEFRKNRFAKKVVLENDKNIKRYLELLGLPHRLERVEKKRKVIVVEYPWSAALLTPLGNLEWEFKAKPFYTVIDIINENNRIKLRDRGISWIGARMGRPEKAKERKMKPPVQVLFPIGLAGGQSRDIKKAAEEGKTARVEIAFFKCPKCGHVGPEHLCPVCGTRKELLWHCPKCGADYPESDAKDFNYRCPKCDVELKPYAEREIKPADLLRQAMDNVKVYGIDRLKGVKGMTSGYKMAEPLEKGLLRVKNDVYVFKDGTIRFDATDAPITHFKPKEIGTSVEKLRELGYTHDFEGKPLERDDQILELKVQDVILPYEAGRYLLKVARFIDDLLEKFYGLPRFYNAEKMEDLVGHLVIGLAPHTSAGIIGRIIGFSDVLVGYAHPYYHAAKRRNCDGDEDAVMLLLDALLNFSKYYLPEKRGGKMDAPLVVTTRLDPREVDSEVHNMDVVRYYPLEFYKATYELKSPKEVKVIERVEDRLGKPEMYEGIKFTHDTDDIGLGPKMSLYKQLGDMEEKVARQLALAERIRAVDEHHVAETIINSHLVPDLRGNLRSFTRQEFRCVKCNTKYRRPPLTGKCPKCGGKIVLTVSKGAIEKYLPTAKMLVTKYRVKDYTRQRICITEKDIKTLFENVFPEKQRTLMGFSADICEKMVKERTGHSNGKNGYLDEFNGKNGKASKKSGSLASKLSGKGKEPSKKKESAKPKRSEKVKNLTSFEAAAKNEQARGTAGNAKKAESEKPKRKKRKGISLDEFFGS

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp 1
分子量 formula_weight	28270.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MPFEVVFDGAKEFADLIATASNLIDEAAFKFTEEGISMRAMDPSRVVLIDLNLPESIFSKYEVEEPETIGINMDQFKKILKRGKAKDTLILRKGDENFLEITFEGTAKRTFRLPLIDVEELELELPELPFTAKVVLLGEVLKEGIKDASLVSDAIKFIAKENEFTMKAEGETNEVEIRLTLEDEGLLDLEVEEETKSAYGIRYLSDMVKGIGKADEVILRFGNEMPLQMEYMIRDEGRLTFLLAPRVEE

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	pri25DNA
分子量 formula_weight	9233.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CGAACTGCCTGGAATCCTGACGACATGTAG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	temp35DNA
分子量 formula_weight	9214.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CTACATGTCGTCAGGATTCCAGGCAGTTCG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41073

PolD-PCNA-DNA (form A)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase sliding clamp 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6knb__assembly_1__model_1

6knb__assembly_1__model_1 | I(q)

6knb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

PolD-PCNA-DNA (form A)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6knb__assembly_1__model_1

6knb__assembly_1__model_1 | I(q)

6knb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)