6krq

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F80A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	CITRIC ACID × 10 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDXH_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 B； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 C； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 D； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 E； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 F； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 G； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 H； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 I； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245 作者链 J； PDB构建体 1–244； UniProt 2–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6krq
沉积日期 deposition_date	2019-08-22
结构标题 title	Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F80A mutant
关键词 keywords	Peroxiredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6krq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6krq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6krq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.66 Å
Rg（电子密度）	50.72 Å
总 Rg	50.95 Å
原子数	19800
残基数	2440
排除体积	352270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6krq__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxiredoxin
分子量 formula_weight	27840.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.15
突变 mutation	C50S,F80A,C207S,C213S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	20741

PGSIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVSTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVASHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFSWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	941

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d6krqa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d6krqj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	6krqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

结构域编号 domain_id	6krqJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	6krqJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2

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晶胞边长 a length_a	76.148 Å
晶胞边长 b length_b	103.156 Å
晶胞边长 c length_c	105.346 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.40 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.231 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1685
R_free r_free	0.2213

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F80A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6krq__assembly_1__model_1

6krq__assembly_1__model_1 | I(q)

6krq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F80A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6krq__assembly_1__model_1

6krq__assembly_1__model_1 | I(q)

6krq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)