6krr

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W210A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1)

UniProt Q9Y9L0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TDXH_AERPE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–244; UniProt 2–245 作者链 B; PDB构建体 1–244; UniProt 2–245 作者链 C; PDB构建体 1–244; UniProt 2–245 作者链 D; PDB构建体 1–244; UniProt 2–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6krr
沉积日期 deposition_date2019-08-22
结构标题 titlePeroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W210A mutant
关键词 keywordsPeroxiredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6krr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6krr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6krr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.65 Å
Rg(电子密度)22.23 Å
总 Rg23.16 Å
原子数3928
残基数488
排除体积69967 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6krr__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6krr__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6krra_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like
结构域编号 domain_idd6krrb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like
结构域编号 domain_idd6krrc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like
结构域编号 domain_idd6krrd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6krrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id6krrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2
结构域编号 domain_id6krrB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id6krrB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2
结构域编号 domain_id6krrC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id6krrC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2
结构域编号 domain_id6krrD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id6krrD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1020 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2
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7. 引用文献 (1)