SAXSdb — 6kyi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

Oryza sativa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic × 8 （Q0INY7） SULFATE ION × 20 GLYCEROL × 8 water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_ORYSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477 作者链 B； PDB构建体 1–477； UniProt 1–477

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic

Oryza sativa subsp. japonica

UniProt Q0INY7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （P0C510） SULFATE ION × 20 GLYCEROL × 8 water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBS1_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175 作者链 T； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6kyi
沉积日期 deposition_date	2019-09-19
结构标题 title	Rice Rubisco in complex with sulfate ions
关键词 keywords	CO2 assimilation, rice, Rubisco, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6kyi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6kyi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6kyi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.26 Å
Rg（电子密度）	45.68 Å
总 Rg	46.07 Å
原子数	35352
残基数	4432
排除体积	628200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6kyi__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	52950.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9736

MSPQTETKASVGFKAGVKDYKLTYYTPEYETKDTDILAAFRVTPQPGVPPEEAGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYHIEPVVGEDNQYIAYVAYPLDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPPTYSKTFQGPPHGIQVERDKLNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRACYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFVFCAEAIYKSQAETGEIKGHYLNATAGTCEEMIKRAVFARELGVPIVMHDYLTGGFTANTSLAHYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQKNHGMHFRVLAKALRMSGGDHIHAGTVVGKLEGEREMTLGFVDLLRDDFIEKDRARGIFFTQDWVSMPGVIPVASGGIHVWHMPALTEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGAAANRVALEACVQARNEGRDLAREGNEIIRSACKWSPELAAACEIWKAIKFEFEPVDKLDS

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4530
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
分子量 formula_weight	19668.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MAPSVMASSATTVAPFQGLKSTAGMPVARRSGNSSFGNVSNGGRIRCMQVWPIEGIKKFETLSYLPPLTVEDLLKQIEYLLRSKWVPCLEFSKVGFVYRENHRSPGYYDGRYWTMWKLPMFGCTDATQVLKELEEAKKAYPDAFVRIIGFDNVRQVQLISFIAYKPPGCEESGGN

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa subsp. japonica
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	843

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6kyia1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d6kyia2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6kyib1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family family	d.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

结构域编号 domain_id	d6kyib2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family family	c.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6kyis_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6kyit_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family family	d.73.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6kyiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6kyiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	110.061 Å
晶胞边长 b length_b	110.061 Å
晶胞边长 c length_c	199.748 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	42.030 Å
R 因子 r_factor	0.1369
R_work r_work	0.1290
R_free r_free	0.1433

Rice Rubisco in complex with sulfate ions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kyi__assembly_1__model_1

6kyi__assembly_1__model_1 | I(q)

6kyi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Rice Rubisco in complex with sulfate ions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6kyi__assembly_1__model_1

6kyi__assembly_1__model_1 | I(q)

6kyi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)