SAXSdb — 6lgn

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2760	Small capsomere-interacting protein × 900 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 300 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 600 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 230	Small capsomere-interacting protein × 75 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 25 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 50 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 276	Small capsomere-interacting protein × 90 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 30 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 60 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QCL5_HHV3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 B； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 C； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 E； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 F； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 G； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 M； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 N； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 O； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 P； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 Q； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 R； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 S； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 T； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 U； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396 作者链 z； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396

Small capsomere-interacting protein

物种未注明

UniProt Q6QCN2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2760	Major capsid protein × 960 （Q6QCL5） Triplex capsid protein 1 × 300 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 600 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 230	Major capsid protein × 80 （Q6QCL5） Triplex capsid protein 1 × 25 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 50 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 276	Major capsid protein × 96 （Q6QCL5） Triplex capsid protein 1 × 30 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 60 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QCN2_HHV3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 H； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 I； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 J； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 K； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 L； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 V； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 W； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 X； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 Y； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 Z； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 a； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 b； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 c； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235 作者链 d； PDB构建体 1–235； UniProt 1–235

Triplex capsid protein 1

物种未注明

UniProt Q6QCN5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2760	Major capsid protein × 960 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 900 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 2 × 600 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 230	Major capsid protein × 80 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 75 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 2 × 50 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 276	Major capsid protein × 96 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 90 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 2 × 60 （Q6QCL4）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 2 × 10 （Q6QCL4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QCN5_HHV3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 f； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 g； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 h； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483 作者链 i； PDB构建体 1–483； UniProt 1–483

Triplex capsid protein 2

物种未注明

UniProt Q6QCL4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2760	Major capsid protein × 960 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 900 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 300 （Q6QCN5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 230	Major capsid protein × 80 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 75 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 25 （Q6QCN5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 276	Major capsid protein × 96 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 90 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 30 （Q6QCN5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 46	Major capsid protein × 16 （Q6QCL5） Small capsomere-interacting protein × 15 （Q6QCN2） Triplex capsid protein 1 × 5 （Q6QCN5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QCL4_HHV3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 k； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 l； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 m； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 n； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 o； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 p； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 q； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 r； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316 作者链 s； PDB构建体 1–316； UniProt 1–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lgn
沉积日期 deposition_date	2019-12-05
结构标题 title	The atomic structure of varicella zoster virus C-capsid
关键词 keywords	Herpesvirus, Varicella zoster virus, C-capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lgn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lgn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	548.90 Å
总 Rg	548.60 Å
原子数	12479220
残基数	1600860
排除体积	221720000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lgn__assembly_1__model_1`	2760-meric （2760）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lgn__assembly_2__model_1`	46-meric （46）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6lgn__assembly_3__model_1`	230-meric （230）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6lgn__assembly_4__model_1`	276-meric （276）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6lgn__assembly_5__model_1`	46-meric （46）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	155145.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,B,C,E,F,G,z
原子数 atom_count	207987

MTTVSCPANVITTTESDRIAGLFNIPAGIIPTGNVLSTIEVCAHRCIFDFFKQIRSDDNSLYSAQFDILLGTYCNTLNFVRFLELGLSVACICTKFPELAYVRDGVIQFEVQQPMIARDGPHPVDQPVHNYMVKRIHKRSLSAAFAIASEALSLLSNTYVDGTEIDSSLRIRAIQQMARNLRTVLDSFERGTADQLLGVLLEKAPPLSLLSPINKFQPEGHLNRVARAALLSDLKRRVCADMFFMTRHAREPRLISAYLSDMVSCTQPSVMVSRITHTNTRGRQVDGVLVTTATLKRQLLQGILQIDDTAADVPVTYGEMVLQGTNLVTALVMGKAVRGMDDVARHLLDITDPNTLNIPSIPPQSNSDSTTAGLPVNARVPADLVIVGDKLVFLEALERRVYQATRVAYPLIGNIDITFIMPMGVFQANSMDRYTRHAGDFSTVSEQDPRQFPPQGIFFYNKDGILTQLTLRDAMGTICHSSLLDVEATLVALRQQHLDRQCYFGVYVAEGTEDTLDVQMGRFMETWADMMPHHPHWVNEHLTILQFIAPSNPRLRFELNPAFDFFVAPGDVDLPGPQRPPEAMPTVNATLRIINGNIPVPLCPISFRDCRGTQLGLGRHTMTPATIKAVKDTFEDRAYPTIFYMLEAVIHGNERNFCALLRLLTQCIRGYWEQSHRVAFVNNFHMLMYITTYLGNGELPEVCINIYRDLLQHVRALRQTITDFTIQGEGHNGETSEALNNILTDDTFIAPILWDCDALIYRDEAARDRLPAIRVSGRNGYQALHFVDMAGHNFQRRDNVLIHGRPVRGDTGQGIPITPHHDREWGILSKIYYYIVIPAFSRGSCCTMGVRYDRLYPALQAVIVPEIPADEEAPTTPEDPRHPLHAHQLVPNSLNVYFHNAHLTVDGDALLTLQELMGDMAERTTAILVSSAPDAGAATATTRNMRIYDGALYHGLIMMAYQAYDETIATGTFFYPVPVNPLFACPEHLASLRGMTNARRVLAKMVPPIPPFLGANHHATIRQPVAYHVTHSKSDFNTLTYSLLGGYFKFTPISLTHQLRTGFHPGIAFTVVRQDRFATEQLLYAERASESYFVGQIQVHHHDAIGGVNFTLTQPRAHVDLGVGYTAVCATAALRCPLTDMGNTAQNLFFSRGGVPMLHDNVTESLRRITASGGRLNPTEPLPIFGGLRPATSAGIARGQASVCEFVAMPVSTDLQYFRTACNPRGRASGMLYMGDRDADIEAIMFDHTQSDVAYTDRATLNPWASQKHSYGDRLYNGTYNLTGASPIYSPCFKFFTPAEVNTNCNTLDRLLMEAKAVASQSSTDTEYQFKRPPGSTEMTQDPCGLFQEAYPPLCSSDAAMLRTAHAGETGADEVHLAQYLIRDASPLRGCLPLPR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small capsomere-interacting protein
分子量 formula_weight	24440.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d,H,I,J,K,L

MTQPASSRVVFDPSNPTTFSVEAIAAYTPVALIRLLNASGPLQPGHRVDIADARSIYTVGAAASAARARANHNANTIRRTAMFAETDPMTWLRPTVGLKRTFNPRIIRPQPPNPSMSLGISGPTILPQKTQSADQSALQQPAALAFSGSSPQHPPPQTTSASVGQQQHVVSGSSGQQPQQGAQSSTVQPTTGSPPAAQGVPQSTPPPTQNTPQGGKGQTLSHTGQSGNASRSRRV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Triplex capsid protein 1
分子量 formula_weight	54028.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f,g,h,i

MGSQPTNSHFTLNEQTLCGTNISLLGNNRFIQIGNGLHMTYAPGFFGNWSRDLTIGPRFGGLNKQPIHVPPKRTETASIQVTPRSIVINRMNNIQINPTSIGNPQVTIRLPLNNFKSTTQLIQQVSLTDFFRPDIEHAGSIVLILRHPSDMIGEANTLTQAGRDPDVLLEGLRNLFNACTAPWTVGEGGGLRAYVTSLSFIAACRAEEYTDKQAADANRTAIVSAYGCSRMETRLIRFSECLRAMVQCHVFPHRFISFFGSLLEYTIQDNLCNITAVAKGPQEAARTDKTSTRRVTANIPACVFWDVDKDLHLSADGLKHVFLVFVYTQRRQREGVRLHLALSQLNEQCFGRGIGFLLGRIRAENAAWGTEGVANTHQPYNTRALPLVQLSNDPTSPRCSIGEITGVNWNLARQRLYQWTGDFRGLPTQLSCMYAAYTLIGTIPSESVRYTRRMERFGGYNVPTIWLEGVVWGGTNTWNECYY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Triplex capsid protein 2
分子量 formula_weight	34421.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j,o,k,p,l,q,m,r,n,s

MAMPFEIEVLLPGELSPAETSALQKCEGKIITFSTLRHRASLVDIALSSYYINGAPPDTLSLLEAYRMRFAAVITRVIPGKLLAHAIGVGTPTPGLFIQNTSPVDLCNGDYICLLPPVFGSADSIRLDSVGLEIVFPLTIPQTLMREIIAKVVARAVERTAAGAQILPHEVLRGADVICYNGRRYELETNLQHRDGSDAAIRTLVLNLMFSINEGCLLLLALIPTLLVQGAHDGYVNLLIQTANCVRETGQLINIPPMPRIQDGHRRFPIYETISSWISTSSRLGDTLGTRAILRVCVFDGPSTVHPGDRTAVIQV

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2838

The atomic structure of varicella zoster virus C-capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small capsomere-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Triplex capsid protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Triplex capsid protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lgn__assembly_1__model_1

6lgn__assembly_1__model_1 | I(q)

6lgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

The atomic structure of varicella zoster virus C-capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small capsomere-interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Triplex capsid protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Triplex capsid protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lgn__assembly_1__model_1

6lgn__assembly_1__model_1 | I(q)

6lgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)