SAXSdb — 6lhf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P21611） RY0808 peptide × 1 CD8 alpha chain × 2 （Q6QR64） water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P21611） RY0808 peptide × 1 CD8 alpha chain × 2 （Q6QR64） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9GIP6_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–270； UniProt 22–291 作者链 D； PDB构建体 1–270； UniProt 22–291

Beta-2-microglobulin

Gallus gallus

UniProt P21611

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I × 1 （Q9GIP6） RY0808 peptide × 1 CD8 alpha chain × 2 （Q6QR64） water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I × 1 （Q9GIP6） RY0808 peptide × 1 CD8 alpha chain × 2 （Q6QR64） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 23–118 作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 23–118

CD8 alpha chain

Gallus gallus

UniProt Q6QR64

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I × 1 （Q9GIP6） Beta-2-microglobulin × 1 （P21611） RY0808 peptide × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I × 1 （Q9GIP6） Beta-2-microglobulin × 1 （P21611） RY0808 peptide × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QR64_CHICK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–112； UniProt 26–137 作者链 H； PDB构建体 1–112； UniProt 26–137 作者链 I； PDB构建体 1–112； UniProt 26–137 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 26–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lhf
沉积日期 deposition_date	2019-12-08
结构标题 title	Crystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*15:01
关键词 keywords	chicken, complex, BF2*15:01, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lhf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lhf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lhf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.84 Å
Rg（电子密度）	25.69 Å
总 Rg	26.53 Å
原子数	4828
残基数	598
排除体积	84599 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lhf__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lhf__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I
分子量 formula_weight	30657.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	9764

ELHTLRYISTAMTDPGPGQPWYVDVGYVDGELFTHYNSTARRAVPRTEWIAANTDQQYWDSETQTSQRTEQIDRDGLGTLQRRYNQTGGSHTVQLMYGCDILEDGTIRGYSQDAYDGRDFIAFDKDTMTFTAAVPEAVPTKRKWEEGDYAEGLKQYLEETCVEWLRRYVEYGKAELGRRERPEVRVWGKEADGILTLSCRAHGFYPRPIAVSWLKDGAVQGQDAQSGGIVPNGDGTYHTWVTIDAQPGDGDKYQCRVEHASLPQPGLYSW

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	10800.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

LTPKVQVYSRFPASAGTKNVLNCFAAGFHPPKISITLMKDGVPMEGAQYSDMSFNDDWTFQRLVHADFTPSSGSTYACKVEHETLKEPQVYKWDPE

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RY0808 peptide
分子量 formula_weight	1126.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

RRREQTDY

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CD8 alpha chain
分子量 formula_weight	13004.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

TMEARFLNRNMKHPQEGQPLELECMPFNIDNGVSWIRQDKDGKLHFIVYISPLSRTAFPRNERTSSQFEGSKQGSSFRLVVKNFRAQDQGTYFCIANINQMLYFSSGQPAFF

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d6lhfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lhfj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	51.340 Å
晶胞边长 b length_b	66.735 Å
晶胞边长 c length_c	103.949 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.59 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.51 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.893 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2533
R_free r_free	0.2990

Crystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*15:01

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD8 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lhf__assembly_1__model_1

6lhf__assembly_1__model_1 | I(q)

6lhf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of chicken cCD8aa/pBF2*15:01

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD8 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lhf__assembly_1__model_1

6lhf__assembly_1__model_1 | I(q)

6lhf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)