6ll1

Oxygen-exposed reduced terminal oxygenase in carbazole 1,9a-dioxygenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terminal oxygenase component of carbazole

Janthinobacterium sp. (strain J3)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 MAGNESIUM ION × 3 FE (II) ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 10 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 TRIETHYLENE GLYCOL × 5 OXYGEN MOLECULE × 2 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84II6_JANS3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 B； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 C； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ll1
沉积日期 deposition_date	2019-12-21
结构标题 title	Oxygen-exposed reduced terminal oxygenase in carbazole 1,9a-dioxygenase
关键词 keywords	oxygen-exposed, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ll1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ll1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ll1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.34 Å
Rg（电子密度）	35.43 Å
总 Rg	36.02 Å
原子数	9401
残基数	1149
排除体积	167330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ll1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Terminal oxygenase component of carbazole
分子量 formula_weight	44910.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9852

MANVDEAILKRVKGWAPYVDAKLGFRNHWYPVMFSKEINEGEPKTLKLLGENLLVNRIDGKLYCLKDRCLHRGVQLSVKVECKTKSTITCWYHAWTYRWEDGVLCDILTNPTSAQIGRQKLKTYPVQEAKGCVFIYLGDGDPPPLARDTPPNFLDDDMEILGKNQIIKSNWRLAVENGFDPSHIYIHKDSILVKDNDLALPLGFAPGGDRKQQTRVVDDDVVGRKGVYDLIGEHGVPVFEGTIGGEVVREGAYGEKIVANDISIWLPGVLKVNPFPNPDMMQFEWYVPIDENTHYYFQTLGKPCANDEERKKYEQEFESKWKPMALEGFNNDDIWAREAMVDFYADDKGWVNEILFESDEAIVAWRKLASEHNQGIQTQAHVSGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Janthinobacterium sp. (strain J3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	213804
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	448

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6ll1a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ll1a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.3 — Bet v1-like
家族 Family family	d.129.3.3 — Ring hydroxylating alpha subunit catalytic domain

结构域编号 domain_id	d6ll1b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ll1b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.3 — Bet v1-like
家族 Family family	d.129.3.3 — Ring hydroxylating alpha subunit catalytic domain

结构域编号 domain_id	d6ll1c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ll1c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.3 — Bet v1-like
家族 Family family	d.129.3.3 — Ring hydroxylating alpha subunit catalytic domain

▶

晶胞边长 a length_a	91.738 Å
晶胞边长 b length_b	91.738 Å
晶胞边长 c length_c	240.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	79.450 Å
R 因子 r_factor	0.1556
R_work r_work	0.1527
R_free r_free	0.2090

Oxygen-exposed reduced terminal oxygenase in carbazole 1,9a-dioxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terminal oxygenase component of carbazole

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ll1__assembly_1__model_1

6ll1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ll1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Oxygen-exposed reduced terminal oxygenase in carbazole 1,9a-dioxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Terminal oxygenase component of carbazole

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ll1__assembly_1__model_1

6ll1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ll1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)