6ltl

The dimeric structure of G80A myoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myoglobin

Equus caballus

UniProt P68082

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–154 链 B; UniProt 2–154 突变:G80A HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;277 K;0.1M Tris-HCl buffer, 0.1M sodium acetate, 10% (w/v) PEG 6000 分辨率 1.25 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 149 个其他 PDB 条目、156 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYG_HORSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154 作者链 B; PDB构建体 1–153; UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ltl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ltl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ltl
沉积日期 deposition_date2020-01-22
结构标题 titleThe dimeric structure of G80A myoglobin
关键词 keywordsOXYGEN STORAGE, OXYGEN BINDING; OXYGEN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.35
零角强度 I(0) i019859700.00
分子量 molecular_weight35164.0 kDa
排除体积 excluded_volume44566 ų
包络体积 envelope_volume52501 ų
水化壳体积 shell_volume20033 ų
包络直径 envelope_diameter84.8
壳层 Rg shell_rg28.69
包络 Rg envelope_rg23.49
形状 Rg shape_rg23.33
总 Rg total_rg24.12
总原子数 total_atoms2486
残基数 n_residues306
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.9
Rg (实空间) rg_real24.21
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real1.9860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8407
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.500
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4467000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.769; Smooth: 0.966

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6ltla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins
结构域编号 domain_idd6ltlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6ltlA01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id6ltlA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110
结构域编号 domain_id6ltlB01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2100
结构域编号 domain_id6ltlB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2110

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)