6luk

Crystal structure of the SAMD1 SAM domain in another crystal form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Atherin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 5 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 4 water × 5	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 4 water × 5	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 5 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAMD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 B； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 C； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 D； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 E； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 F； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 G； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 H； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 I； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 J； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 K； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 L； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 M； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 N； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 O； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 P； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 Q； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 R； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 S； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526 作者链 T； PDB构建体 2–69； UniProt 459–526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6luk
沉积日期 deposition_date	2020-01-29
结构标题 title	Crystal structure of the SAMD1 SAM domain in another crystal form
关键词 keywords	CpG-islands, transcription, decamer, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6luk__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6luk__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6luk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.66 Å
Rg（电子密度）	22.61 Å
总 Rg	23.38 Å
原子数	2770
残基数	345
排除体积	49546 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6luk__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6luk__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6luk__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6luk__assembly_4__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Atherin
分子量 formula_weight	7810.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	11923

SPVEWTVMDVVEYFTEAGFPEQATAFQEQEIDGKSLLLMQRTDVLTGLSIRLGPALKIYEHHIKVLQQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia Coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	833

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (40 domains)

结构域编号 domain_id	d6luka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6luka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6luke1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6luke2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6luki1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6luki2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukj1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukk1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukl1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukl2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukm1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukm2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukn1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukn2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6luko1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6luko2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukp1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukp2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukq1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukq2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukr1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukr2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6luks1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6luks2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6lukt1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6lukt2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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晶胞边长 a length_a	66.430 Å
晶胞边长 b length_b	182.842 Å
晶胞边长 c length_c	66.971 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.054 Å
最低分辨率 resolution_low	45.710 Å
R 因子 r_factor	0.1872
R_work r_work	0.1852
R_free r_free	0.2259

Crystal structure of the SAMD1 SAM domain in another crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Atherin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6luk__assembly_2__model_1

6luk__assembly_2__model_1 | I(q)

6luk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (40 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the SAMD1 SAM domain in another crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Atherin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6luk__assembly_2__model_1

6luk__assembly_2__model_1 | I(q)

6luk__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (40 domains)

7. 引用文献 (1)