6lv4

Co- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 20 atm CO2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 未记录 CO2 CARBON DIOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1 CO COBALT (II) ION × 1 BCT BICARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 11;293 K;1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl 分辨率 1.20 Å R-free 0.139

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6lv4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6lv4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6lv4
沉积日期 deposition_date2020-02-02
结构标题 titleCo- Carbonic Anhydrase II pH 11.0 20 atm CO2
关键词 keywords;metalloenzymes; carbonic anhydrase; enzyme mechanism; metal coordination geometry; proton transfer; biological water dynamics, METAL BINDING PROTEIN, LYASE ;; METAL BINDING PROTEIN,LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.31
零角强度 I(0) i014744600.00
分子量 molecular_weight29190.0 kDa
排除体积 excluded_volume36620 ų
包络体积 envelope_volume40747 ų
水化壳体积 shell_volume19065 ų
包络直径 envelope_diameter60.9
壳层 Rg shell_rg24.15
包络 Rg envelope_rg17.71
形状 Rg shape_rg17.28
总 Rg total_rg18.43
总原子数 total_atoms4089
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.5
Rg (实空间) rg_real18.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real1.4740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14740000.0000
解质量估计 total_estimate0.6393
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.1
偏度 Skewness skewness0.073
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2603000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.259; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6lv4a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)