SAXSdb — 6lyj

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Epstein-Barr virus (strain GD1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3KSS2_EBVG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

SAUGI

Staphylococcus aureus

UniProt Q936H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q3KSS2） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q3KSS2） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q936H5_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lyj
沉积日期 deposition_date	2020-02-14
结构标题 title	The crystal structure of SAUGI/EBVUDG complex
关键词 keywords	DNA mimic protein, uracil-DNA glycosylase inhibitor, uracil-DNA glycosylase, DNA repair, herpesvirus, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lyj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lyj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.55 Å
Rg（电子密度）	20.45 Å
总 Rg	21.45 Å
原子数	2746
残基数	341
排除体积	49165 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lyj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lyj__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	28642.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6232

MASRGLDLWLDEHVWKRKQEIGVKGENLLLPDLWLDFLQLSPIFQRKLAAVIACVRRLRTQATVYPEEDMCMAWARFCDPSDIKVVILGQDPYHGGQANGLAFSVAYGFPVPPSLRNIYAELHRSLPEFSPPDHGCLDAWASQGVLLLNTILTVQKGKPGSHADIGWAWFTDHVISLLSERLKACVFMLWGAKAGDKASLINSKKHLVLTSQHPSPLAQNSTRKSAQQKFLGNNHFVLANNFLREKGLGEIDWRL

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus (strain GD1)
通用名 common_name	HHV-4,Human herpesvirus 4,Human gammaherpesvirus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SAUGI
分子量 formula_weight	13367.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MTLELQLKHYITNLFNLPKDEKWECESIEEIADDILPDQYVRLGALSNKILQTYTYYSDTLHESNIYPFILYYQKQLIAIGYIDENHDMDFLYLHNTIMPLLDQRYLLTGGQ

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	758

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6lyjA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyjB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyjC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyjD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

▶

晶胞边长 a length_a	49.480 Å
晶胞边长 b length_b	93.496 Å
晶胞边长 c length_c	156.943 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.1752
R_work r_work	0.1732
R_free r_free	0.2163

The crystal structure of SAUGI/EBVUDG complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAUGI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lyj__assembly_1__model_1

6lyj__assembly_1__model_1 | I(q)

6lyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of SAUGI/EBVUDG complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAUGI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lyj__assembly_1__model_1

6lyj__assembly_1__model_1 | I(q)

6lyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)