6lyv

The crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Human herpesvirus 8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SAUGI × 1 （Q936H5） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76RG8_HHV8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 C； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 E； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 G； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 I； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 K； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 M； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 O； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

SAUGI

Staphylococcus aureus

UniProt Q936H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase × 1 （Q76RG8） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q936H5_STAAU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 F； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 H； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 L； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 N； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 P； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lyv
沉积日期 deposition_date	2020-02-16
结构标题 title	The crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex
关键词 keywords	DNA mimic protein, uracil-DNA glycosylase inhibitor, uracil-DNA glycosylase, DNA repair, herpesvirus, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lyv__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lyv__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lyv__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.23 Å
Rg（电子密度）	20.08 Å
总 Rg	21.09 Å
原子数	2724
残基数	333
排除体积	48612 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lyv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lyv__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6lyv__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6lyv__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6lyv__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6lyv__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6lyv__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6lyv__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	29045.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	22519

MDAWLQQTVFRGTLSISQGVDDRDLLLAPKWISFLSLSSFLKQKLLSLLRQIRELRLTTTVYPPQDKLMWWSHCCDPEDIKVVILGQDPYHKGQATGLAFSVDPQCQVPPSLRSIFRELEASVPNFSTPSHGCLDSWARQGVLLLNTVLTVEKGRAGSHEGLGWDWFTSFIISSISSKLEHCVFLLWGRKAIDRTPLINAQKHLVLTAQHPSPLASLGGRHSRWPRFQGCNHFNLANDYLTRHRRETVDWGLLEQ

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 8
通用名 common_name	HHV-8,Human gammaherpesvirus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SAUGI
分子量 formula_weight	13367.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MTLELQLKHYITNLFNLPKDEKWECESIEEIADDILPDQYVRLGALSNKILQTYTYYSDTLHESNIYPFILYYQKQLIAIGYIDENHDMDFLYLHNTIMPLLDQRYLLTGGQ

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	782

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6lyvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	6lyvO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyvP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

▶

晶胞边长 a length_a	85.887 Å
晶胞边长 b length_b	92.196 Å
晶胞边长 c length_c	98.107 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	108.14 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.23 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.1938
R_work r_work	0.1918
R_free r_free	0.2315

The crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAUGI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lyv__assembly_6__model_1

6lyv__assembly_6__model_1 | I(q)

6lyv__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of SAUGI/KSHVUDG complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAUGI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lyv__assembly_6__model_1

6lyv__assembly_6__model_1 | I(q)

6lyv__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)