6m2m

A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable histone H2A.3

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Histone H2B.1 × 6 （Q9LQQ4） Expressed protein × 3 （Q2R2Z3） GLYCEROL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A3_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 C； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 E； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 G； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 I； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106 作者链 K； PDB构建体 1–93； UniProt 14–106

Histone H2B.1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LQQ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Probable histone H2A.3 × 6 （O81826） Expressed protein × 3 （Q2R2Z3） GLYCEROL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 F； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 H； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 J； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148 作者链 L； PDB构建体 1–98； UniProt 51–148

Expressed protein

Oryza sativa subsp. japonica

UniProt Q2R2Z3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Probable histone H2A.3 × 6 （O81826） Histone H2B.1 × 6 （Q9LQQ4） GLYCEROL × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2R2Z3_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–105； UniProt 367–471 作者链 N； PDB构建体 1–105； UniProt 367–471 作者链 O； PDB构建体 1–105； UniProt 367–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6m2m
沉积日期 deposition_date	2020-02-28
结构标题 title	A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition
关键词 keywords	complex, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6m2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6m2m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6m2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.40 Å
Rg（电子密度）	32.18 Å
总 Rg	32.97 Å
原子数	8006
残基数	1068
排除体积	143400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6m2m__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable histone H2A.3
分子量 formula_weight	10049.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,C,G,I,K
原子数 atom_count	8020

KKSTSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIVPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIAN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2B.1
分子量 formula_weight	11033.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,J,H,L,B

KKRSKKNVETYKIYIFKVLKQVHPDIGISSKAMGIMNSFINDIFEKLAQESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Expressed protein
分子量 formula_weight	11448.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

ILEKEGLSTNPSEKEIKAVKKRKERAKELEGIDMSNIITSSRRRSTSNFIPLPTPKIVADSDEDDEEDAEDDNDEEVNVEGGDEGDNDVGKAGDGSADDAEHDSD

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa subsp. japonica
通用名 common_name	Rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6m2ma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2md_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2me_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2mk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d6m2ml_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6m2mL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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晶胞边长 a length_a	167.361 Å
晶胞边长 b length_b	116.336 Å
晶胞边长 c length_c	101.904 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1964
R_work r_work	0.1936
R_free r_free	0.2531

A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable histone H2A.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Expressed protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6m2m__assembly_1__model_1

6m2m__assembly_1__model_1 | I(q)

6m2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable histone H2A.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Expressed protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6m2m__assembly_1__model_1

6m2m__assembly_1__model_1 | I(q)

6m2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)