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6m3r

Crystal structure of AnkG/beta4-spectrin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ankyrin-3

Rattus norvegicus

UniProt O70511

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 975–1465 未记录 Spectrin beta chain × 1 （Q8VIE5） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；0.8 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 分辨率 4.31 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6M3R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YIP Crystal Structure of AnkG LIR/GABARAPL1 complex 提交 2017-10-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1985–2010（26 aa） 片段：UNP RESIDUES 1985-2010
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；289 K；35% w/v Pentaerythritol ethoxylate 797 (15/4 EO/OH), 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6)
分辨率 1.85 Å R-free 0.222
5YIQ Crystal structure of AnkG LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1985–2010（26 aa） 片段：UNP RESIDUES 1985-2010
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；10% v/v 2-propanol, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M MES buffer (pH 6.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.259
6A9X Crystal Structure of AnkG/GABARAP Complex 提交 2018-07-16 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1987–2010（24 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；289 K；2.0 M ammonium citrate tribasic, 0.1 M BIS-TRIS propane buffer
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
6M3P Crystal structure of AnkG/beta2-spectrin complex 提交 2020-03-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 975–1465（491 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10% w/v polyethylene glycol 6,000, 5% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
6M3P Crystal structure of AnkG/beta2-spectrin complex 提交 2020-03-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 975–1465（491 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10% w/v polyethylene glycol 6,000, 5% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
7XCE Crystal structure of Ankyrin G in complex with neurofascin 提交 2022-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 275–500（226 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289.2 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 17% w/v polyethylene glycol 10000
分辨率 2.50 Å R-free 0.233

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ANK3_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–491； UniProt 975–1465

Spectrin beta chain

Mus musculus

UniProt Q8VIE5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1616–1937 未记录 Ankyrin-3 × 1 （O70511） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；0.8 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 分辨率 4.31 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6M3R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6M3Q Crystal structure of AnkB/beta4-spectrin complex 提交 2020-03-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1616–1937（322 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；25% w/v pentaerythritol propoxylate 629 (17/8 PO/OH), 50 mM magnesium chloride and 0.1 M HEPES, pH 7.5
分辨率 3.44 Å R-free 0.307

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8VIE5_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–322； UniProt 1616–1937

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m3r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m3r
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m3r
沉积日期 deposition_date2020-03-04
结构标题 titleCrystal structure of AnkG/beta4-spectrin complex
关键词 keywordsPROTEIN BINDING, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.93 Å
零角强度 I(0) i080941700.00
分子量 molecular_weight70945.0 kDa
排除体积 excluded_volume88499 ų
包络体积 envelope_volume128860 ų
水化壳体积 shell_volume32636 ų
包络直径 envelope_diameter143.8 Å
壳层 Rg shell_rg37.60 Å
包络 Rg envelope_rg37.90 Å
形状 Rg shape_rg36.95 Å
总 Rg total_rg36.89 Å
总原子数 total_atoms4999
残基数 n_residues711
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.3 Å
Rg (实空间) rg_real36.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.03 Å
I(0) (实空间) i0_real8.0940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal80920000.0000
解质量估计 total_estimate0.8161
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.0 Å
偏度 Skewness skewness0.546
峰度 Kurtosis kurtosis-0.100
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6432000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.568; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)