SAXSdb — 6mf6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 （P32325）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DDK kinase regulatory subunit DBF4 × 1 （P32325）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–290； UniProt 418–705 作者链 B； PDB构建体 3–290； UniProt 418–705

DDK kinase regulatory subunit DBF4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32325

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2 × 1 （P32562）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2 × 1 （P32562）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DBF4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–21； UniProt 76–96 作者链 D； PDB构建体 1–21； UniProt 76–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mf6
沉积日期 deposition_date	2018-09-09
结构标题 title	Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region.
关键词 keywords	Mitosis, Dbf4, Polo-like kinases, CELL CYCLE, Transferase; CELL CYCLE, Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6mf6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6mf6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6mf6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.83 Å
Rg（电子密度）	18.70 Å
总 Rg	19.71 Å
原子数	3591
残基数	252
排除体积	32807 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6mf6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6mf6__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2
分子量 formula_weight	33463.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7178

GALSPGGTKQKYKEVVDIEAQRRLNDLAREARIRRAQQAVLRKELIATSTNVIKSEISLRILASECHLTLNGIVEAEAQYKMGGLPKSRLPKIKHPMIVTKWVDYSNKHGFSYQLSTEDIGVLFNNGTTVLRLADAEEFWYISYDDREGWVASHYLLSEKPRELSRHLEVVDFFAKYMKANLSRVSTFGREEYHKDDVFLRRYTRYKPFVMFELSDGTFQFNFKDHHKMAISDGGKLVTYISPSHESTTYPLVEVLKYGEIPGYPESNFREKLTLIKEGLKQKSTIVTVD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DDK kinase regulatory subunit DBF4
分子量 formula_weight	2246.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

RARIERARSIEGAVQVSKGTG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	135.054 Å
晶胞边长 b length_b	135.054 Å
晶胞边长 c length_c	75.163 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	44.207 Å
R 因子 r_factor	0.2454
R_work r_work	0.2433
R_free r_free	0.2830

Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DDK kinase regulatory subunit DBF4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mf6__assembly_1__model_1

6mf6__assembly_1__model_1 | I(q)

6mf6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of budding yeast Cdc5 polo-box domain in complex with the Dbf4 polo-interacting region.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell cycle serine/threonine-protein kinase CDC5/MSD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DDK kinase regulatory subunit DBF4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mf6__assembly_1__model_1

6mf6__assembly_1__model_1 | I(q)

6mf6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)