6mii

Crystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minichromosome maintenance protein MCM

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 1	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ; × 3 ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 6 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCM_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 A； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612 作者链 B； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 B； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612 作者链 C； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 C； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612 作者链 D； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 D； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612 作者链 E； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 E； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612 作者链 F； PDB构建体 3–266； UniProt 2–265 作者链 F； PDB构建体 273–610； UniProt 275–612

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mii
沉积日期 deposition_date	2018-09-19
结构标题 title	Crystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA complex
关键词 keywords	MCM, DNA, helicase, AAA+, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6mii__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6mii__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6mii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.28 Å
Rg（电子密度）	46.47 Å
总 Rg	46.72 Å
原子数	28476
残基数	3543
排除体积	511200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6mii__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Minichromosome maintenance protein MCM
分子量 formula_weight	68642.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
突变 mutation	UNP residues 2-265, GGSGGS linker, UNP residues 275-612
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	28494

SLEIPSKQIDYRDVFIEFLTTFKGNNNQNKYIERINELVAYRKKSLIIEFSDVLSFNENLAYEIINNTKIILPILEGALYDHILQLDPTYQRDIEKVHVRIVGIPRVIELRKIRSTDIGKLITIDGILVKVTPVKERIYKATYKHIHPDCMQEFEWPEDEEMPEVLEMPTICPKCGKPGQFRLIPEKTKLIDWQKAVIQERPEEVPSGQLPRQLEIILEDDLVDSARPGDRVKVTGILDIKQDSPVKRGSRAVFDIYMKVSSIEVSGGSGGSSEEDEKKIKDLAKDPWIRDRIISSIAPSIYGHWELKEALALALFGGVPKVLEDTRIRGDIHILIIGDPGTAKSQMLQFISRVAPRAVYTTGKGSTAAGLTAAVVREKGTGEYYLEAGALVLADGGIAVIDEIDKMRDEDRVAIHEAMEQQTVSIAKAGIVAKLNARAAVIAAGNPKFGRYISERPVSDNINLPPTILSRFDLIFILKDQPGEQDRELANYILDVHSGKSTKNIIDIDTLRKYIAYARKYVTPKITSEAKNLITDFFVEMRKKSSETPDSPILITPRQLEALIRISEAYAKMALKAEVTREDAERAINIMRLFLESVGVDMESGKIDID

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3605.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

TTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ;
分子量 formula_weight	492.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6miiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6miiA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6miiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6miiB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6miiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6miiD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6miiD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6miiE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6miiE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6miiF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1640 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6miiF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	186.665 Å
晶胞边长 b length_b	186.665 Å
晶胞边长 c length_c	281.489 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	44.698 Å
R 因子 r_factor	0.1908
R_work r_work	0.1881
R_free r_free	0.2413

Crystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minichromosome maintenance protein MCM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mii__assembly_1__model_1

6mii__assembly_1__model_1 | I(q)

6mii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of minichromosome maintenance protein MCM/DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minichromosome maintenance protein MCM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6mii__assembly_1__model_1

6mii__assembly_1__model_1 | I(q)

6mii__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)