6mil

Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein AF-9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–138	片段：YEATS domain residues 1-138	Histone H3K9bu × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.236
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–138	片段：YEATS domain residues 1-138	Histone H3K9bu × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6MIL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LM0 Solution structure of the AF4-AF9 complex 提交 2011-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 490–568（79 aa）片段：UNP residues 738-779, UNP residues 490-568	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 15.8 mM MES, 9.3 mM Bis-Tris, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylic acid, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylamide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2MV7 Solution NMR structure of DOT1L in complex with AF9 (DOT1L-AF9) 提交 2014-09-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）片段：UNP RESIDUES 500-568	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2N4Q Solution NMR structure of CBX8 in complex with AF9 (CBX8-AF9) 提交 2015-06-30	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 500–568（69 aa）片段：UNP residues 500-568	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chromobox protein homolog 8, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein AF, 9.5 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2NDF Solution NMR structures of AF9 yeats domain in complex with histon H3 acetylation at K18 提交 2016-05-19	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2NDG Solution NMR structures of AF9 yeats domain in complex with histone H3 crotonylation at K18 提交 2016-05-19	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain (UNP residues 1-138)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain (UNP residues 1-138)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
5HJB AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K9 提交 2016-01-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 3% MPD	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 E 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 G 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.273
5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 N 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 Q 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 T 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.273
5YYF Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide inhibitor "PHQ-H3(Q5-K9)" modified at K9 with 2-furancarboyl group 提交 2017-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 FOA 2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 25 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5YYF Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide inhibitor "PHQ-H3(Q5-K9)" modified at K9 with 2-furancarboyl group 提交 2017-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FOA 2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 25 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
6B7G Solution NMR structure of BCoR in complex with AF9 (BCoR-AF9) 提交 2017-10-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 497–565（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 750 uM [U-13C; U-15N] BCoR, 750 uM [U-13C; U-15N] AF9, 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95 % H2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6L5Z Crystal strucutre of AF9 YEATS domain in complex with a cyclopeptide inhibitor 提交 2019-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v)PEG 3350,0.2M Ammonium Nitrate	分辨率 3.05 Å R-free 0.222
6LS6 Crystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain of AF9	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5??200 mM lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350.	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
6LS6 Crystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain of AF9	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5??200 mM lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350.	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
6MIM Crystal structure of AF9 YEATS domain Y78W mutant in complex with histone H3K9cr 提交 2018-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	突变：Y78W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 6000, and 10 mM ZnCl2	分辨率 2.52 Å R-free 0.264
6MIM Crystal structure of AF9 YEATS domain Y78W mutant in complex with histone H3K9cr 提交 2018-09-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	突变：Y78W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 6000, and 10 mM ZnCl2	分辨率 2.52 Å R-free 0.264
7EIC Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K5acK8ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris buffer (pH 6.5) containing 100 mM ammonium acetate and 25% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.205
7EIC Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K5acK8ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris buffer (pH 6.5) containing 100 mM ammonium acetate and 25% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.205
7EID Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K8acK12ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic buffer (pH 7.0) containing 19% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7EID Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K8acK12ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic buffer (pH 7.0) containing 19% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7VKG Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with Compound 10 提交 2021-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	7IV ~{N}-(4-chlorophenyl)-2-phenylmethoxy-ethanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.245
7VKH Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 提交 2021-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	7IY ~{N}-(3-azanyl-4-chloranyl-phenyl)-2-methoxy-ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7VKH Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 提交 2021-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	7IY ~{N}-(3-azanyl-4-chloranyl-phenyl)-2-methoxy-ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
8PJ7 MLLT3 in complex with compound PFI-6 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZJ9 ~{N}-[(1~{R})-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-5-[4-(dimethylcarbamoyl)-3-oxidanyl-phenyl]-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris pH=7.0 150 mM AmSO4 Gradient 20-30% PEG3350	分辨率 1.26 Å R-free 0.222
8TLW Crystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in complex with peptidomimetic inhibitor 28 提交 2023-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-30% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.213
8TLX Crystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in complex with peptidomimetic inhibitor 21a 提交 2023-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-30% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
9ARO Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with acetylated at K1007 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	FMT FORMIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Sodium formate pH 7.2, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
9ARO Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with acetylated at K1007 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 D 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Sodium formate pH 7.2, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
9ARR Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with dicrotonylated at K1007 and K1014 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	LI LITHIUM ION × 2 NO3 NITRATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Lithium nitrate pH 7.1, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	突变：F28R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.315
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）	突变：F28R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.315

共 24 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AF9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–141； UniProt 1–138 作者链 C； PDB构建体 4–141； UniProt 1–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6mil
沉积日期 deposition_date	2018-09-19
结构标题 title	Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu
关键词 keywords	Transcription, Epigenetic, Histone reader; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.50 Å
零角强度 I(0) i0	19340200.00
分子量 molecular_weight	34697.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43708 Å³
包络体积 envelope_volume	56251 Å³
水化壳体积 shell_volume	17821 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.39 Å
包络 Rg envelope_rg	30.76 Å
形状 Rg shape_rg	30.53 Å
总 Rg total_rg	30.61 Å
总原子数 total_atoms	2452
残基数 n_residues	289
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6849
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.593
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4589000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.292; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.099; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein AF-9
分子量 formula_weight	16611.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2814

GSHMASSCAVQVKLELGHRAQVRKKPTVEGFTHDWMVFVRGPEHSNIQHFVEKVVFHLHESFPRPKRVCKDPPYKVEESGYAGFILPIEVYFKNKEEPRKVRFDYDLFLHLEGHPPVNHLRCEKLTFNNPTEDFRRKLLKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3K9bu
分子量 formula_weight	2146.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

ARTKQTARXSTGGKAPRKQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	342

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6milA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

结构域编号 domain_id	6milC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 — YEATS domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.989 Å
晶胞边长 b length_b	44.913 Å
晶胞边长 c length_c	70.804 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	48.819 Å
R 因子 r_factor	0.1866
R_work r_work	0.1828
R_free r_free	0.2358

fit	/app/data/saxs_computation/mi/6mil/6mil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mi/6mil/6mil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mi/6mil/6mil.dat

Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein AF-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)