6ml1

Structure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with an affinity-matured inhibitory Ubv

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin variant 15.1a × 1 （A0A0L7RG06） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 1 SODIUM ION × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin variant 15.1a × 1 （A0A0L7RG06） CALCIUM ION × 1 ZINC ION × 1 SODIUM ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–201； UniProt 275–470 作者链 A； PDB构建体 202–283； UniProt 781–862 作者链 A； PDB构建体 285–346； UniProt 873–934 作者链 B； PDB构建体 6–201； UniProt 275–470 作者链 B； PDB构建体 202–283； UniProt 781–862 作者链 B； PDB构建体 285–346； UniProt 873–934

Ubiquitin variant 15.1a

Homo sapiens

UniProt A0A0L7RG06

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 × 1 （Q9Y4E8） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 1 SODIUM ION × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15 × 1 （Q9Y4E8） CALCIUM ION × 1 ZINC ION × 1 SODIUM ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0L7RG06_9HYME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–85； UniProt 379–463 作者链 E； PDB构建体 1–85； UniProt 379–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ml1
沉积日期 deposition_date	2018-09-26
结构标题 title	Structure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with an affinity-matured inhibitory Ubv
关键词 keywords	deubiuqitination, Ubv, high-affinity, inhibition, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ml1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ml1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ml1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.21 Å
Rg（电子密度）	21.86 Å
总 Rg	22.97 Å
原子数	3188
残基数	403
排除体积	57263 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ml1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6ml1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15
分子量 formula_weight	39753.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.19.12,3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6889

SGAAADYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSGCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin variant 15.1a
分子量 formula_weight	10282.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C

GAAMLIFVKTLSGKFISLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKRLSFYRKQLEDGRTLSDYNIQKHSTLQLLVISRGILYGSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Proteolyzed N-terminal tag of Ubv.15.1a construct
分子量 formula_weight	3055.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAHHHHHHDTSLYKKAGSTENLYFQG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	389

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6ml1a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6ml1c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6ml1c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6ml1e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d6ml1e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6ml1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	6ml1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	42.770 Å
晶胞边长 b length_b	115.290 Å
晶胞边长 c length_c	95.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.319 Å
R 因子 r_factor	0.1909
R_work r_work	0.1894
R_free r_free	0.2195

Structure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with an affinity-matured inhibitory Ubv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin variant 15.1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ml1__assembly_1__model_1

6ml1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ml1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the USP15 deubiquitinase domain in complex with an affinity-matured inhibitory Ubv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15,Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin variant 15.1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ml1__assembly_1__model_1

6ml1__assembly_1__model_1 | I(q)

6ml1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)