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6n4i

Structural basis of Nav1.7 inhibition by a gating-modifier spider toxin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a

Thrixopelma pruriens

UniProt P83476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–30 链 F； UniProt 1–30 链 G； UniProt 1–30 链 H； UniProt 1–30 未记录 Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein × 4 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；2.3-2.6M Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.0; 30% sucrose for cryo 分辨率 3.54 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6N4I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2N9T NMR solution structure of ProTx-II 提交 2015-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 2 mg protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2 mg protein, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
5O0U Crystal structure of tarantula venom peptide Protoxin-II 提交 2017-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2M lithium sulfate, 100 mM Tris-HCl (pH 8), 2% v/v PEG 400
分辨率 0.99 Å R-free 0.140
6MK4 Solution NMR structure of spider toxin analogue [E17K]ProTx-II 提交 2018-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–30（30 aa）
突变：E17K 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 2 mg/mL [E17K]ProTx-II, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6N4Q CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (actived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–30（30 aa）
链 F 1–30（30 aa）
链 G 1–30（30 aa）
链 H 1–30（30 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 3.60 Å
6N4R CryoEM structure of Nav1.7 VSD2 (deactived state) in complex with the gating modifier toxin ProTx2 提交 2018-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–30（30 aa）
链 F 1–30（30 aa）
链 G 1–30（30 aa）
链 H 1–30（30 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 0.06% FA3, 0.1 mg/ml POPC:POPE:POPG mixed at molar ratio 3:1:1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Apply 3 uL, blot 2.5s. Ted Pella 595 filter paper.
分辨率 4.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXPR2_THRPR
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 F； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 G； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 H； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6n4i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6n4i
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6n4i
沉积日期 deposition_date2018-11-19
结构标题 titleStructural basis of Nav1.7 inhibition by a gating-modifier spider toxin
关键词 keywordssodium channel, toxin, gating-modifier, voltage-gated, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.35 Å
零角强度 I(0) i0185296000.00
分子量 molecular_weight122920.0 kDa
排除体积 excluded_volume159030 ų
包络体积 envelope_volume207700 ų
水化壳体积 shell_volume48578 ų
包络直径 envelope_diameter135.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.48 Å
包络 Rg envelope_rg36.76 Å
形状 Rg shape_rg36.30 Å
总 Rg total_rg36.92 Å
总原子数 total_atoms8629
残基数 n_residues1021
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.8 Å
Rg (实空间) rg_real37.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal185300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8846
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.3 Å
偏度 Skewness skewness0.246
峰度 Kurtosis kurtosis-0.308
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10470000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)