6nd9

RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 4 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 AMMONIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLEC_CALRH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 D； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 G； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 J； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 M； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 P； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

Snaclec rhodocetin subunit delta

物种未注明

UniProt D2YW40

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 4 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 AMMONIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Integrin alpha-2 × 1 （P17301） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLED_CALRH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 E； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 H； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 K； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 N； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Q； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Integrin alpha-2

Homo sapiens

UniProt P17301

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 4 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 AMMONIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 3 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Snaclec rhodocetin subunit gamma × 1 （D2YW39） Snaclec rhodocetin subunit delta × 1 （D2YW40） SULFATE ION × 2 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 F； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 I； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 L； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 O； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366 作者链 R； PDB构建体 21–217； UniProt 170–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nd9
沉积日期 deposition_date	2018-12-13
结构标题 title	RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM
关键词 keywords	C-TYPE LECTIN, INTEGRIN, VENOM, COAGULATION, CELL ADHESION, CELL ADHESION-TOXIN complex; CELL ADHESION/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nd9__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nd9__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nd9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.31 Å
Rg（电子密度）	24.45 Å
总 Rg	25.32 Å
原子数	3599
残基数	444
排除体积	63696 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nd9__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6nd9__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6nd9__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6nd9__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6nd9__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6nd9__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Snaclec rhodocetin subunit gamma
分子量 formula_weight	15741.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	21603

DFNCLPGWSAYDQHCYQAFNEPKTWDEAERFCTEQAKRGHLVSIGSDGEADFVAQLVTNNIKRPELYVWIGLRDRRKEQQCSSEWSMSASIIYVNWNTGESQMCQGLARWTGFRKWDYSDCQAKNPFVCKFPSEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Snaclec rhodocetin subunit delta
分子量 formula_weight	14876.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

CPLHWSSYNGYCYRVFSELKTWEDAESFCYAQHKGSRLASIHSREEEAFVGKLASQTLKYTSMWLGLNNPWKECKWEWSDDAKLDYKVWLRRPYCAVMVVKTDRIFWFNRGCEKTVSFVCKFYS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Integrin alpha-2
分子量 formula_weight	23737.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

MGSSHHHHHHSSGLVPRGGSPSLIDVVVVCDESNSIYPWDAVKNFLEKFVQGLDIGPTKTQVGLIQYANNPRVVFNLNTYKTKEEMIVATSQTSQYGGDLTNTFGAIQYARKYAYSAASGGRRSATKVMVVVTDGESHDGSMLKAVIDQCNHDNILRFGIAVLGYLNRNALDTKNLIKEIKAIASIPTERYFFNVSDEAALLEKAGTLGEQIFSIEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d6nd9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d6nd9d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d6nd9g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d6nd9j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9k_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d6nd9m_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9n_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9o_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d6nd9p_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9q_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d6nd9r_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	6nd9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6nd9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6nd9G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6nd9J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6nd9M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9O00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	6nd9P00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	6nd9R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

▶

晶胞边长 a length_a	131.044 Å
晶胞边长 b length_b	131.044 Å
晶胞边长 c length_c	251.245 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.060 Å
R 因子 r_factor	0.2313
R_work r_work	0.2292
R_free r_free	0.2720

RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Snaclec rhodocetin subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nd9__assembly_3__model_1

6nd9__assembly_3__model_1 | I(q)

6nd9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

RHODOCETIN IN COMPLEX WITH THE INTEGRIN ALPHA2-A DOMAIN WITH CALCIUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Snaclec rhodocetin subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Snaclec rhodocetin subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integrin alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nd9__assembly_3__model_1

6nd9__assembly_3__model_1 | I(q)

6nd9__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)