SAXSdb — 6nig

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;(3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;(3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 B； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 C； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 D； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

UniProt Q2YE02

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;(3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;(3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2YE02_EPTST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 B； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 C； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 D； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nig
沉积日期 deposition_date	2018-12-27
结构标题 title	Crystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex
关键词 keywords	Toll-like receptors, innate immune agonist, IMMUNE SYSTEM-AGONIST complex; IMMUNE SYSTEM/AGONIST
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nig__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nig__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.07 Å
Rg（电子密度）	39.47 Å
总 Rg	39.84 Å
原子数	17976
残基数	1091
排除体积	160790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nig__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6nig__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B
分子量 formula_weight	65277.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	35983

MPHTLWMVWVLGVIISLSKEESSNQASLSCDRNGICKGSSGSLNSIPSGLTEAVKSLDLSNNRITYISNSDLQRCVNLQALVLTSNGINTIEEDSFSSLGSLEHLDLSYNYLSNLSSSWFKPLSSLTFLNLLGNPYKTLGETSLFSHLTKLQILRVGNMDTFTKIQRKDFAGLTFLEELEIDASDLQSYEPKSLKSIQNVSHLILHMKQHILLLEIFVDVTSSVECLELRDTDLDTFHFSELSTGETNSLIKKFTFRNVKITDESLFQVMKLLNQISGLLELEFDDCTLNGVGNFRASDNDRVIDPGKVETLTIRRLHIPRFYLFYDLSTLYSLTERVKRITVENSKVFLVPCLLSQHLKSLEYLDLSENLMVEEYLKNSACEDAWPSLQTLILRQNHLASLEKTGETLLTLKNLTNIDISKNSFHSMPETCQWPEKMKYLNLSSTRIHSVTGCIPKTLEILDVSNNNLNLFSLNLPQLKELYISRNKLMTLPDASLLPMLLVLKISRNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPT

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus stoutii
通用名 common_name	Pacific hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7765
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} ;
分子量 formula_weight	909.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

▶

晶胞边长 a length_a	66.098 Å
晶胞边长 b length_b	201.252 Å
晶胞边长 c length_c	109.359 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	37.761 Å
R 因子 r_factor	0.2105
R_work r_work	0.2098
R_free r_free	0.2361

Crystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nig__assembly_1__model_1

6nig__assembly_1__model_1 | I(q)

6nig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nig__assembly_1__model_1

6nig__assembly_1__model_1 | I(q)

6nig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)