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6nig

Crystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 149.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

UniProt O60603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–507 链 B； UniProt 1–507 片段：TLR (UNP residues 1-507) + linker + VLR (UNP residues 181-248) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 KQD (3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.5, 18% PEG1900 MME 分辨率 2.35 Å R-free 0.236
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–507 链 D； UniProt 1–507 片段：TLR (UNP residues 1-507) + linker + VLR (UNP residues 181-248) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 KQD (3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.5, 18% PEG1900 MME 分辨率 2.35 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6NIG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FYW CRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2000-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 636–784（149 aa） 片段：TIR DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；100 mM cacodylate, 10 % PEG 8000, 20 % DMSO, 200 mM MgCl2, 5 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
1FYW CRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2000-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 636–784（149 aa） 片段：TIR DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；100 mM cacodylate, 10 % PEG 8000, 20 % DMSO, 200 mM MgCl2, 5 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
1FYX CRYSTAL STRUCTURE OF P681H MUTANT OF TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2000-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 636–784（149 aa） 片段：TIR DOMAIN
突变：P681H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；100 mM cacodylate, 10 % PEG 8000, 20 % DMSO, 200 mM MgCl2, 5 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
1FYX CRYSTAL STRUCTURE OF P681H MUTANT OF TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2000-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 636–784（149 aa） 片段：TIR DOMAIN
突变：P681H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；100 mM cacodylate, 10 % PEG 8000, 20 % DMSO, 200 mM MgCl2, 5 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
1O77 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C713S MUTANT OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2002-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 639–784（146 aa） 片段：TIR DOMAIN, RESIDUES 639-784
链 B 639–784（146 aa） 片段：TIR DOMAIN, RESIDUES 639-784
链 C 639–784（146 aa） 片段：TIR DOMAIN, RESIDUES 639-784
链 D 639–784（146 aa） 片段：TIR DOMAIN, RESIDUES 639-784
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；1.4M (NH4)2HPO4, 0.1M MES PH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.315
1O77 CRYSTAL STRUCTURE OF THE C713S MUTANT OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR2 提交 2002-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 639–784（146 aa） 片段：TIR DOMAIN, RESIDUES 639-784
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；1.4M (NH4)2HPO4, 0.1M MES PH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.315
2Z7X Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 27–508（482 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa） 片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2Z80 Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–284（284 aa） 片段：TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 1.80 Å R-free 0.254
8AR0 Solution structure of TLR2 transmembrane and cytoplasmic juxtamembrane regions 提交 2022-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 581–629（49 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）235；压力 AMBIENT
NMR样品组成 200 uM [U-13C; U-15N] protein, 23.27 mM DMPC, 5.87 mM DMPG, 78.16 mM DHPC, 20 mM potassium phosphate, 4 mM TCEP, 0.05 % w/v sodium azide, 1 mM TSP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 188 uM [U-15N] protein, 24.23 mM DMPC, 5.50 mM DMPG, 80.18 mM DHPC, 50 mM potassium phosphate, 4 mM TCEP, 0.05 % w/v sodium azide, 1 mM TSP, 30 mg/mL dGpG, 100 mM potassium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 B； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 C； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 D； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507

Toll-like receptor 2,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

UniProt Q2YE02

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 181–248 链 B； UniProt 181–248 片段：TLR (UNP residues 1-507) + linker + VLR (UNP residues 181-248) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 KQD (3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.5, 18% PEG1900 MME 分辨率 2.35 Å R-free 0.236
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 181–248 链 D； UniProt 181–248 片段：TLR (UNP residues 1-507) + linker + VLR (UNP residues 181-248) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 KQD (3S,4S,3'S,4'S)-1,1'-(1,4-phenylenedicarbonyl)bis{N~3~,N~4~-bis[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]pyrrolidine-3,4-dicarboxami de} × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0, 0.1 M imidazole, pH 7.5, 18% PEG1900 MME 分辨率 2.35 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2YE02_EPTST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 B； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 C； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248 作者链 D； PDB构建体 509–576； UniProt 181–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nig

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nig
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nig
沉积日期 deposition_date2018-12-27
结构标题 titleCrystal structure of the human TLR2-Diprovocim complex
关键词 keywordsToll-like receptors, innate immune agonist, IMMUNE SYSTEM-AGONIST complex; IMMUNE SYSTEM/AGONIST
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.43 Å
零角强度 I(0) i0906044000.00
分子量 molecular_weight254540.0 kDa
排除体积 excluded_volume321300 ų
包络体积 envelope_volume451700 ų
水化壳体积 shell_volume82381 ų
包络直径 envelope_diameter144.0 Å
壳层 Rg shell_rg50.31 Å
包络 Rg envelope_rg44.54 Å
形状 Rg shape_rg45.44 Å
总 Rg total_rg45.60 Å
总原子数 total_atoms35927
残基数 n_residues2186
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.1 Å
Rg (实空间) rg_real45.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real9.0600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal906200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8835
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.0 Å
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha67980000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.840
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)