SAXSdb — 6nih

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–475	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2	信息不足单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–475	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NIH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FYV CRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR1 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 625–785（161 aa）片段：TIR DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；100 mM Tris, 1.2M NaH2PO4/K2HPO4 5 mM DTT, 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.90 Å R-free 0.296
2Z7X Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–476（452 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
7NT7 Solution structure of toll like receptor 1 (TLR1) TIR domain 提交 2021-03-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 625–786（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TLR1-TIR, 20 mM PIPES, 25 mM sodium chloride, 3 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7NUW Crystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised with Zn2+ ions) 提交 2021-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 625–785（161 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；170 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v glycerol (#9 from HR2-122 Hampton) + Zinc chloride(molar ratio zinc chloride:protein 1:1). Growth at +4 for 3-4 months.	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
7NUX Crystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised without ZN2+ ions) 提交 2021-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 625–785（161 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；170 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v glycerol (#9 from HR2-122 Hampton) Growth at +4 for 3-4 months.	分辨率 2.47 Å R-free 0.279

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 B； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475

Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B

Eptatretus stoutii

UniProt Q2YDZ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 156–224	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2	信息不足单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 156–224	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME	分辨率 2.30 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2YDZ3_EPTST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 477–545； UniProt 156–224 作者链 B； PDB构建体 477–545； UniProt 156–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nih
沉积日期 deposition_date	2018-12-27
结构标题 title	Crystal structure of human TLR1
关键词 keywords	Toll-like receptors, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.92 Å
零角强度 I(0) i0	214350000.00
分子量 molecular_weight	120930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153050 Å³
包络体积 envelope_volume	205290 Å³
水化壳体积 shell_volume	48992 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.27 Å
包络 Rg envelope_rg	32.77 Å
形状 Rg shape_rg	33.90 Å
总 Rg total_rg	34.65 Å
总原子数 total_atoms	17089
残基数 n_residues	1039
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.617
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.804

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B
分子量 formula_weight	62346.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17381

MTSIFHFAIIFMLILQIRIQLSEESEFLVDRSKNGLIHVPKDLSQKTTILNISQNYISELWTSDILSLSKLRILIISHNRIQYLDISVFKFNQELEYLDLSHNKLVKISCHPTVNLKHLDLSFNAFDALPICKEFGNMSQLKFLGLSTTHLEKSSVLPIAHLNISKVLLVLGETYGEKEDPEGLQDFNTESLHIVFPTNKEFHFILDVSVKTVANLELSNIKCVLEDNKCSYFLSILAKLQTNPKLSNLTLNNIETTWNSFIRILQLVWHTTVWYFSISNVKLQGQLDFRDFDYSGTSLKALSIHQVVSDVFGFPQSYIYEIFSNMNIKNFTVSGTRMVHMLCPSKISPFLHLDFSNNLLTDTVFENCGHLTELETLILQMNQLKELSKIAEMTTQMKSLQQLDISQNSVSYDEKKGDCSWTKSLLSLNMSSNILTDTIFRCLPPRIKVLDLHSNKIKSIPKQVVKLEALQELNVASNQLKSVPDGIFDRLTSLQKIWLHTNPWDCSCPRIDYLSRWLNKNSQKEQGSAKCSGSGKPVRSIICPT

来源 Source

来源生物 organism	Eptatretus stoutii
通用名 common_name	Pacific hagfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7765
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	216

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.028 Å
晶胞边长 b length_b	74.377 Å
晶胞边长 c length_c	106.076 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.397 Å
R 因子 r_factor	0.2449
R_work r_work	0.2435
R_free r_free	0.2736

fit	/app/data/saxs_computation/ni/6nih/6nih.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ni/6nih/6nih.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ni/6nih/6nih.dat

Crystal structure of human TLR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Toll-like receptor 1,Variable lymphocyte receptor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)