6nj4

Thermostable variant of human carbonic anhydrase with disordered tetrazine 2.0 reacted with strained trans-cyclooctene at site 233

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–260 突变:A64T, L99H, K153N, L223S, L239P, A247T 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;0.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 278K 分辨率 1.30 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–260; UniProt 3–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6nj4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6nj4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6nj4
沉积日期 deposition_date2019-01-02
结构标题 titleThermostable variant of human carbonic anhydrase with disordered tetrazine 2.0 reacted with strained trans-cyclooctene at site 233
关键词 keywordsgenetic code expansion, thermostability, protein engineering, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.73
零角强度 I(0) i016027300.00
分子量 molecular_weight29989.0 kDa
排除体积 excluded_volume37354 ų
包络体积 envelope_volume42047 ų
水化壳体积 shell_volume19371 ų
包络直径 envelope_diameter71.5
壳层 Rg shell_rg24.52
包络 Rg envelope_rg18.17
形状 Rg shape_rg17.73
总 Rg total_rg18.68
总原子数 total_atoms4147
残基数 n_residues264
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.8
Rg (实空间) rg_real19.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real1.6030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16030000.0000
解质量估计 total_estimate0.7528
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.2
偏度 Skewness skewness0.144
峰度 Kurtosis kurtosis-0.286
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3039000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.599; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6nj4a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_idd6nj4a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6nj4a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)