SAXSdb — 6njr

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCPR_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–622； UniProt 57–678 作者链 B； PDB构建体 1–622； UniProt 57–678

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6njr
沉积日期 deposition_date	2019-01-04
结构标题 title	Spin-Labeled T177C/A637C Mutant of Rat CYPOR
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CYPOR, Cysless, SDSL, site-directed spin-labeling, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6njr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6njr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6njr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.75 Å
Rg（电子密度）	25.78 Å
总 Rg	26.59 Å
原子数	5020
残基数	607
排除体积	88450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6njr__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6njr__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADPH--cytochrome P450 reductase
分子量 formula_weight	70960.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.2.4
突变 mutation	C136A,T177(R1A),C228A,C363T,C445L,C472T,C566A,C630A,A637(R1A)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10069

IQTTAPPVKESSFVEKMKKTGRNIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRYGMRGMSADPEEYDLADLSSLPEIDKSLVVFAMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVDLTGVKFAVFGLGNKCYEHFNAMGKYVDQRLEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFITWREQFWPAVAEFFGVEATGEESSIRQYELVVHEDMDVAKVYTGEMGRLKSYENQKPPFDAKNPFLAAVTANRKLNQGTERHLMHLELDISDSKIRYESGDHVAVYPANDSALVNQIGEILGADLDVIMSLNNLDEESNKKHPFPTPTTYRTALTYYLDITNPPRTNVLYELAQYASEPSEQEHLHKMASSSGEGKELYLSWVVEARRHILAILQDYPSLRPPIDHLLELLPRLQARYYSIASSSKVHPNSVHITAVAVEYEAKSGRVNKGVATSWLRAKEPAGENGGRALVPMFVRKSQFRLPFKSTTPVIMVGPGTGIAPFMGFIQERAWLREQGKEVGETLLYYGARRSDEDYLYREELARFHKDGALTQLNVAFSREQAHKVYVQHLLKRDREHLWKLIHEGGAHIYVAGDARNMCKDVQNTFYDIVAEFGPMEHTQAVDYVKKLMTKGRYSLDVWS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6njra1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6njra2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.1 — NADPH-cytochrome p450 reductase FAD-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d6njra3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6njrb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6njrb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family family	b.43.4.1 — NADPH-cytochrome p450 reductase FAD-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d6njrb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamily	c.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family family	c.25.1.0 — automated matches

▶

晶胞边长 a length_a	101.265 Å
晶胞边长 b length_b	116.012 Å
晶胞边长 c length_c	118.377 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	32.370 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2780

Spin-Labeled T177C/A637C Mutant of Rat CYPOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6njr__assembly_1__model_1

6njr__assembly_1__model_1 | I(q)

6njr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Spin-Labeled T177C/A637C Mutant of Rat CYPOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6njr__assembly_1__model_1

6njr__assembly_1__model_1 | I(q)

6njr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)