6nl0

Ternary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymerase Beta with "hot-spot sequence" with beta-gamma CF2 analogue of dGTP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(CPCPGPAPAPCPAPAPGPCPAPTPCPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPTPGPAPTPGPCPTP(2DT))-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPCPGP*G)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 SODIUM ION × 3 2'-DEOXY-5'-O-[({[DIFLUORO(PHOSPHONO)METHYL](HYDROXY)PHOSPHORYL}OXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]GUANOSINE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nl0
沉积日期 deposition_date	2019-01-07
结构标题 title	Ternary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymerase Beta with "hot-spot sequence" with beta-gamma CF2 analogue of dGTP
关键词 keywords	DNA Polymerase Beta, Conformational Change, enzyme mechanism, LFER, transcription-dna complex; transcription/dna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nl0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nl0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.89 Å
Rg（电子密度）	22.18 Å
总 Rg	22.95 Å
原子数	3277
残基数	356
排除体积	56322 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nl0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPGPAPAPCPAPAPGPCPAPTPCPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4861.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	3518

CCGAACAAGCATCAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPGPAPTPGPCPTP(2DT))-3') ;
分子量 formula_weight	3035.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GCTGATGCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPCPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	1511.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTCGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA polymerase beta
分子量 formula_weight	38243.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,4.2.99.-
突变 mutation	K289M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEMGFTINEYTIRPLGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2'-DEOXY-5'-O-[({[DIFLUORO(PHOSPHONO)METHYL](HYDROXY)PHOSPHORYL}OXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]GUANOSINE
分子量 formula_weight	541.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	233

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6nl0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	6nl0A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	6nl0A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

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晶胞边长 a length_a	50.317 Å
晶胞边长 b length_b	79.933 Å
晶胞边长 c length_c	55.119 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	21.234 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1928
R_free r_free	0.2374

Ternary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymerase Beta with "hot-spot sequence" with beta-gamma CF2 analogue of dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nl0__assembly_1__model_1

6nl0__assembly_1__model_1 | I(q)

6nl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymerase Beta with "hot-spot sequence" with beta-gamma CF2 analogue of dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nl0__assembly_1__model_1

6nl0__assembly_1__model_1 | I(q)

6nl0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)