SAXSdb — 6nm5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type IV conjugative transfer system pilin TraA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 76 PDB 声明：76-meric（76）与蛋白拷贝数一致	链 1A； UniProt 30–94 链 1B； UniProt 30–94 链 1C； UniProt 30–94 链 1D； UniProt 30–94 链 1E； UniProt 30–94 链 1F； UniProt 30–94 链 1G； UniProt 30–94 链 1H； UniProt 30–94 链 1I； UniProt 30–94 链 1J； UniProt 30–94 链 1K； UniProt 30–94 链 1L； UniProt 30–94 链 1M； UniProt 30–94 链 1N； UniProt 30–94 链 1O； UniProt 30–94 链 2A； UniProt 30–94 链 2B； UniProt 30–94 链 2C； UniProt 30–94 链 2D； UniProt 30–94 链 2E； UniProt 30–94 链 2F； UniProt 30–94 链 2G； UniProt 30–94 链 2H； UniProt 30–94 链 2I； UniProt 30–94 链 2J； UniProt 30–94 链 2K； UniProt 30–94 链 2L； UniProt 30–94 链 2M； UniProt 30–94 链 2N； UniProt 30–94 链 2O； UniProt 30–94 链 3A； UniProt 30–94 链 3B； UniProt 30–94 链 3C； UniProt 30–94 链 3D； UniProt 30–94 链 3E； UniProt 30–94 链 3F； UniProt 30–94 链 3G； UniProt 30–94 链 3H； UniProt 30–94 链 3I； UniProt 30–94 链 3J； UniProt 30–94 链 3K； UniProt 30–94 链 3L； UniProt 30–94 链 3M； UniProt 30–94 链 3N； UniProt 30–94 链 3O； UniProt 30–94 链 4A； UniProt 30–94 链 4B； UniProt 30–94 链 4C； UniProt 30–94 链 4D； UniProt 30–94 链 4E； UniProt 30–94 链 4F； UniProt 30–94 链 4G； UniProt 30–94 链 4H； UniProt 30–94 链 4I； UniProt 30–94 链 4J； UniProt 30–94 链 4K； UniProt 30–94 链 4L； UniProt 30–94 链 4M； UniProt 30–94 链 4N； UniProt 30–94 链 4O； UniProt 30–94 链 5A； UniProt 30–94 链 5B； UniProt 30–94 链 5C； UniProt 30–94 链 5D； UniProt 30–94 链 5E； UniProt 30–94 链 5F； UniProt 30–94 链 5G； UniProt 30–94 链 5H； UniProt 30–94 链 5I； UniProt 30–94 链 5J； UniProt 30–94 链 5K； UniProt 30–94 链 5L； UniProt 30–94 链 5M； UniProt 30–94 链 5N； UniProt 30–94 链 5O； UniProt 30–94	未记录	Maturation protein × 1 （P03610） KSV (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate × 70	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1Y2ZDR2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1A； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1B； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1C； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1D； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1E； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1F； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1G； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1H； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1I； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1J； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1K； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1L； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1M； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1N； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 1O； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2A； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2B； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2C； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2D； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2E； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2F； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2G； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2H； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2I； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2J； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2K； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2L； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2M； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2N； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 2O； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3A； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3B； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3C； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3D； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3E； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3F； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3G； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3H； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3I； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3J； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3K； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3L； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3M； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3N； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 3O； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4A； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4B； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4C； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4D； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4E； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4F； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4G； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4H； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4I； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4J； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4K； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4L； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4M； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4N； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 4O； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5A； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5B； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5C； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5D； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5E； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5F； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5G； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5H； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5I； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5J； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5K； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5L； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5M； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5N； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94 作者链 5O； PDB构建体 1–65； UniProt 30–94

Maturation protein

物种未注明

UniProt P03610

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 76 PDB 声明：76-meric（76）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–393	未记录	Type IV conjugative transfer system pilin TraA × 75 （A0A1Y2ZDR2） KSV (2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate × 70	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6NM5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5TC1 In situ structures of the genome and genome-delivery apparatus in ssRNA bacteriophage MS2 提交 2016-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 M 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；pH7.4 PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAT_BPMS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nm5
沉积日期 deposition_date	2019-01-10
结构标题 title	F-pilus/MS2 Maturation protein complex
关键词 keywords	MS2 maturation protein, F-pilus, adsorption complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.90 Å
零角强度 I(0) i0	3800760000.00
分子量 molecular_weight	568830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	733170 Å³
包络体积 envelope_volume	1148900 Å³
水化壳体积 shell_volume	148680 Å³
包络直径 envelope_diameter	248.3 Å
壳层 Rg shell_rg	63.95 Å
包络 Rg envelope_rg	65.65 Å
形状 Rg shape_rg	65.91 Å
总 Rg total_rg	65.83 Å
总原子数 total_atoms	39163
残基数 n_residues	5207
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	254.7 Å
Rg (实空间) rg_real	69.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8400e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3793000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8144
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.720
峰度 Kurtosis kurtosis	0.148
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8319
最高正则化参数 α highest_alpha	1554000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.470; Stabil: 0.871; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.741

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type IV conjugative transfer system pilin TraA
分子量 formula_weight	6831.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;1A,1B,1C,1D,1E,1F,1G,1H,1I,1J,1K,1L,1M,1N,1O,2A,2B,2C,2D,2E,2F,2G,2H,2I,2J,2K,2L,2M,2N,2O,3A,3B,3C,3D,3E,3F,3G,3H,3I,3J,3K,3L,3M,3N,3O,4A,4B,4C,4D,4E,4F,4G,4H,4I,4J,4K,4L,4M,4N,4O,5A,5B,5C,5D,5E,5F,5G,5H,5I,5J,5K,5L,5M,5N,5O ;
原子数 atom_count	39224

QDLMASGNTTVKATFGKDSSVVKWVVLAEVLVGAVMYMMTKNVKFLAGFAIISVFIAVGMAVVGL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Maturation protein
分子量 formula_weight	44030.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MRAFSTLDRENETFVPSVRVYADGETEDNSFSLKYRSNWTPGRFNSTGAKTKQWHYPSPYSRGALSVTSIDQGAYKRSGSSWGRPYEEKAGFGFSLDARSCYSLFPVSQNLTYIEVPQNVANRASTEVLQKVTQGNFNLGVALAEARSTASQLATQTIALVKAYTAARRGNWRQALRYLALNEDRKFRSKHVAGRWLELQFGWLPLMSDIQGAYEMLTKVHLQEFLPMRAVRQVGTNIKLDGRLSYPAANFQTTCNISRRIVIWFYINDARLAWLSSLGILNPLGIVWEKVPFSFVVDWLLPVGNMLEGLTAPVGCSYMSGTVTDVITGESIISVDAPYGWTVERQGTAKAQISAMHRGVQSVWPTTGAYVKSPFSMVHTLDALALIRQRLSR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl ethyl hydrogen (S)-phosphate
分子量 formula_weight	200.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	70

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	6.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	168989

fit	/app/data/saxs_computation/nm/6nm5/6nm5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nm/6nm5/6nm5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nm/6nm5/6nm5.dat

F-pilus/MS2 Maturation protein complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type IV conjugative transfer system pilin TraA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maturation protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)