Epstein-Barr virus (strain B95-8)
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 2 | EBNA1 × 1 （A0A0P0J719） 3-(phenylethynyl)-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzoic acid × 1 water × 2 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | EBNA1_EBVB9 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 5–141； UniProt 471–607 |
Epstein-Barr virus (strain B95-8)
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 | 异源复合物 | 蛋白 2 | Epstein-Barr nuclear antigen 1 × 1 （P03211） 3-(phenylethynyl)-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzoic acid × 1 water × 2 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | A0A0P0J719_EBVG |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 71–204 |
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| 条目编号 entry_id | 6npp |
| 沉积日期 deposition_date | 2019-01-18 |
| 结构标题 title | Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments |
| 关键词 keywords | EBNA1, DNA binding protein, Epstein-Barr Virus, viral protein, viral protein-inhibitor complex; viral protein/inhibitor |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 20.43 Å |
| Rg（电子密度） | 19.08 Å |
| 总 Rg | 20.08 Å |
| 原子数 | 4254 |
| 残基数 | 275 |
| 排除体积 | 38077 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d6nppa1 |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.58 — Ferredoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.58.8 — Viral DNA-binding domain |
| 家族 Family family | d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain |
| 结构域编号 domain_id | d6nppa2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | d6nppb_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.58 — Ferredoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.58.8 — Viral DNA-binding domain |
| 家族 Family family | d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain |
| 结构域编号 domain_id | 6nppA00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 70 — Alpha-Beta Plaits |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain |
| 结构域编号 domain_id | 6nppB00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 70 — Alpha-Beta Plaits |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 390 — Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain |