6nsw

X-ray reduced Catalase 3 From N.Crassa in Cpd I state (0.135 MGy)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase-3

Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ACETATE ION × 8 TRIETHYLENE GLYCOL × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 1,2-ETHANEDIOL × 10 OXYGEN ATOM × 4 ETHANOL × 5 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAT3_NEUCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719 作者链 B； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719 作者链 C； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719 作者链 D； PDB构建体 1–719； UniProt 1–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nsw
沉积日期 deposition_date	2019-01-25
结构标题 title	X-ray reduced Catalase 3 From N.Crassa in Cpd I state (0.135 MGy)
关键词 keywords	X-ray reduced, Heme, compound I, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nsw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nsw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nsw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.97 Å
Rg（电子密度）	40.82 Å
总 Rg	41.40 Å
原子数	21633
残基数	2714
排除体积	381140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nsw__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catalase-3
分子量 formula_weight	79322.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23881

MRVNALLPLSGLIGTALAACPFADPSALGRRAEGGEVDARQRLKEVEVDDNGQFMTTDFGGNIEEQFSLKAGGRGSTLLEDFIFRQKLQHFDHERIPERVVHARGAGAHGIFTSYGDWSNITAASFLGAKDKQTPVFVRFSTVAGSRGSADTARDVHGFATRFYTDEGNFDIVGNNIPVFFIQDAIRFPDLIHSVKPSPDNEVPQAATAHDSAWDFFSSQPSALHTLFWAMSGNGIPRSYRHMDGFGIHTFRLVTEDGKSKLVKWHWKTKQGKAALVWEEAQVLAGKNADFHRQDLWDAIESGNAPSWELAVQLIDEDKAQAYGFDLLDPTKFLPEEFAPLQVLGEMTLNRNPMNYFAETEQISFQPGHIVRGVDFTEDPLLQGRLYSYLDTQLNRHRGPNFEQLPINRPVSGVHNNHRDGQGQAWIHKNIHHYSPSYLNKGYPAQANQTVGRGFFTTPGRTASGVLNRELSATFDDHYTQPRLFFNSLTPVEQQFVINAIRFEASHVTNEQVKKNVLEQLNKISNDVAKRVAVALGLEAPQPDPTYYHNNVTRGVSIFNESLPTIATLRVGVLSTTKGGSLDKAKALKEQLEKDGLKVTVIAEYLASGVDQTYSAADATAFDAVVVAEGAERVFSGKGAMSPLFPAGRPSQILTDGYRWGKPVAAVGSAKKALQSIGVEEKEAGVYAGAQDEVIKGVEEGLKVFKFLERFAVDGDDEE

来源 Source

来源生物 organism	Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	367110
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1967

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6nswA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	6nswA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	6nswA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	6nswB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	6nswB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	6nswB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	6nswC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	6nswC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	6nswC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

结构域编号 domain_id	6nswD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	6nswD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Catalase, four-helical domain

结构域编号 domain_id	6nswD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain

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晶胞边长 a length_a	131.100 Å
晶胞边长 b length_b	154.400 Å
晶胞边长 c length_c	160.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.099 Å
最低分辨率 resolution_low	29.596 Å
R 因子 r_factor	0.1725
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2195

X-ray reduced Catalase 3 From N.Crassa in Cpd I state (0.135 MGy)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nsw__assembly_1__model_1

6nsw__assembly_1__model_1 | I(q)

6nsw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray reduced Catalase 3 From N.Crassa in Cpd I state (0.135 MGy)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nsw__assembly_1__model_1

6nsw__assembly_1__model_1 | I(q)

6nsw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)