SAXSdb — 6nuh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOS response-associated peptidase YedK

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(GPTPCP(PDI)PGPGP*A)-3') ; × 1 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YEDK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–221； UniProt 2–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nuh
沉积日期 deposition_date	2019-02-01
结构标题 title	Non-covalent DNA-protein complex between E. coli YedK and ssDNA containing an abasic site analog
关键词 keywords	DNA-protein crosslink, abasic site, thiazolidine, replication stress, DNA BINDING PROTEIN, dna binding protein-dna complex; dna binding protein/dna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nuh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nuh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nuh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.41 Å
Rg（电子密度）	17.31 Å
总 Rg	18.27 Å
原子数	3747
残基数	232
排除体积	33908 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nuh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SOS response-associated peptidase YedK
分子量 formula_weight	25478.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3965

CGRFAQSQTREDYLALLAEDIERDIPYDPEPIGRYNVAPGTKVLLLSERDEHLHLDPVFWGYAPGWWDKPPLINARVETAATSRMFKPLWQHGRAICFADGWFEWKKEGDKKQPFFIYRADGQPIFMAAIGSTPFERGDEAEGFLIVTAAADQGLVDIHDRRPLVLSPEAAREWMRQEISGKEASEIAASGCVPANQFSWHPVSRAVGNVKNQGAELIQPVLEVLF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPTPCP(PDI)PGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1987.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GTCXGGA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6nuhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1680 — hypothetical protein yedk fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SOS response associated peptidase-like

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晶胞边长 a length_a	47.543 Å
晶胞边长 b length_b	44.129 Å
晶胞边长 c length_c	55.093 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.594 Å
最低分辨率 resolution_low	39.597 Å
R 因子 r_factor	0.1447
R_work r_work	0.1431
R_free r_free	0.1773

Non-covalent DNA-protein complex between E. coli YedK and ssDNA containing an abasic site analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOS response-associated peptidase YedK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nuh__assembly_1__model_1

6nuh__assembly_1__model_1 | I(q)

6nuh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Non-covalent DNA-protein complex between E. coli YedK and ssDNA containing an abasic site analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SOS response-associated peptidase YedK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nuh__assembly_1__model_1

6nuh__assembly_1__model_1 | I(q)

6nuh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)