6nxg

Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor 303a

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

Plasmodium vivax (strain Salvador I)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 OXAMIC ACID × 1 5-(4-chlorophenyl)-3-({[3-(morpholine-4-carbonyl)phenyl]amino}methyl)pyridin-2(1H)-one × 1 TETRADECANOYL-COA × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 5-(4-chlorophenyl)-3-({[3-(morpholine-4-carbonyl)phenyl]amino}methyl)pyridin-2(1H)-one × 1 TETRADECANOYL-COA × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	MAGNESIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 TETRADECANOYL-COA × 1 BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5K1A2_PLAVS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–405； UniProt 27–410 作者链 B； PDB构建体 22–405； UniProt 27–410 作者链 C； PDB构建体 22–405； UniProt 27–410

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6nxg
沉积日期 deposition_date	2019-02-08
结构标题 title	Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor 303a
关键词 keywords	;TRANSFERASE, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, transferase-transferase inhibitor complex ;; transferase/transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6nxg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6nxg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6nxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.67 Å
Rg（电子密度）	21.30 Å
总 Rg	22.41 Å
原子数	3280
残基数	385
排除体积	58945 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6nxg__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6nxg__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6nxg__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
分子量 formula_weight	47250.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.97
突变 mutation	27-410
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11688

MGSSHHHHHHSAALEVLFQGPDYKFWYTQPVPKINDEFNESVNEPFISDNKVEDVRKDEYKLPPGYSWYVCDVKDEKDRSEIYTLLTDNYVEDDDNIFRFNYSAEFLLWALTSPNYLKTWHIGVKYDASNKLIGFISAIPTDICIHKRTIKMAEVNFLCVHKTLRSKRLAPVLIKEITRRINLENIWQAIYTAGVYLPKPVSDARYYHRSINVKKLIEIGFSSLNSRLTMSRAIKLYRVEDTLNIKNMRLMKKKDVEGVHKLLGSYLEQFNLYAVFTKEEIAHWFLPIENVIYTYVNEENGKIKDMISFYSLPSQILGNDKYSTLNAAYSFYNVTTTATFKQLMQDAILLAKRNNFDVFNALEVMQNKSVFEDLKFGEGDGSLKYYLYNWKCASFAPAHVGIVLL

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax (strain Salvador I)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126793
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXAMIC ACID
分子量 formula_weight	89.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5-(4-chlorophenyl)-3-({[3-(morpholine-4-carbonyl)phenyl]amino}methyl)pyridin-2(1H)-one
分子量 formula_weight	423.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRADECANOYL-COA
分子量 formula_weight	977.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1687

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6nxga1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nxga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nxga3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6nxgb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nxgb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nxgb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6nxgc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6nxgc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6nxgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	6nxgB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	6nxgC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	57.420 Å
晶胞边长 b length_b	119.030 Å
晶胞边长 c length_c	175.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.290 Å
R 因子 r_factor	0.1504
R_work r_work	0.1491
R_free r_free	0.1741

Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor 303a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nxg__assembly_1__model_1

6nxg__assembly_1__model_1 | I(q)

6nxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor 303a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6nxg__assembly_1__model_1

6nxg__assembly_1__model_1 | I(q)

6nxg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)