6o2p

Complex of ivacaftor with cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 128.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

Homo sapiens

UniProt P13569

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1480 未记录 Unknown Peptide × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 6 AJP Digitonin × 1 VX7 N-(2,4-di-tert-butyl-5-hydroxyphenyl)-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CFTR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1480; UniProt 1–1480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o2p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o2p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o2p
沉积日期 deposition_date2019-02-24
结构标题 titleComplex of ivacaftor with cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR)
关键词 keywordsABC transporter, anion channel, cystic fibrosis, membrane protein, ivacaftor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.33
零角强度 I(0) i0252060000.00
分子量 molecular_weight138650.0 kDa
排除体积 excluded_volume177900 ų
包络体积 envelope_volume230760 ų
水化壳体积 shell_volume52514 ų
包络直径 envelope_diameter136.4
壳层 Rg shell_rg42.42
包络 Rg envelope_rg37.45
形状 Rg shape_rg37.32
总 Rg total_rg37.69
总原子数 total_atoms9767
残基数 n_residues1196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.1
Rg (实空间) rg_real37.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real2.5210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal252000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8289
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.7
偏度 Skewness skewness0.587
峰度 Kurtosis kurtosis-0.096
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha93990000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.783

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6o2pA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)