6o34

Crystal Structure Analysis of PIN1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

Homo sapiens

UniProt Q13526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–163 未记录 peptide × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;100 mM HEPES, pH 7.2, 3.0 M ammonium sulfate 分辨率 1.57 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 189 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–163; UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o34

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o34
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o34
沉积日期 deposition_date2019-02-25
结构标题 titleCrystal Structure Analysis of PIN1
关键词 keywordsisomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.39
零角强度 I(0) i06512840.00
分子量 molecular_weight17740.0 kDa
排除体积 excluded_volume21874 ų
包络体积 envelope_volume25067 ų
水化壳体积 shell_volume13810 ų
包络直径 envelope_diameter54.6
壳层 Rg shell_rg21.08
包络 Rg envelope_rg15.79
形状 Rg shape_rg15.37
总 Rg total_rg16.46
总原子数 total_atoms1247
残基数 n_residues151
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.3
Rg (实空间) rg_real16.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real6.5130e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0720e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6513000.0000
解质量估计 total_estimate0.8218
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary21.0
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.4800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1409000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6o34a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.72.1 — WW domain
家族 Family familyb.72.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6o34a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6o34A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id6o34A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)