6o5s

Room temperature structure of VX-phosphonylated hAChE in complex with oxime reactivator RS-170B

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

Homo sapiens

UniProt P22303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–578 链 B; UniProt 32–578 片段:residues 33-574 VX O-ETHYLMETHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP × 4 LND 4-carbamoyl-1-(3-{2-[(E)-(hydroxyimino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}propyl)pyridin-1-ium × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;283 K;10 mM sodium citrate, 100 mM HEPES, pH 7, and 6-8 % PEG6000 分辨率 2.80 Å R-free 0.199
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–578 链 B; UniProt 32–578 片段:residues 33-574 VX O-ETHYLMETHYLPHOSPHONIC ACID ESTER GROUP × 4 LND 4-carbamoyl-1-(3-{2-[(E)-(hydroxyimino)methyl]-1H-imidazol-1-yl}propyl)pyridin-1-ium × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;283 K;10 mM sodium citrate, 100 mM HEPES, pH 7, and 6-8 % PEG6000 分辨率 2.80 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 77 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–550; UniProt 32–578 作者链 B; PDB构建体 4–550; UniProt 32–578

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6o5s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6o5s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6o5s
沉积日期 deposition_date2019-03-04
结构标题 titleRoom temperature structure of VX-phosphonylated hAChE in complex with oxime reactivator RS-170B
关键词 keywordsVX-phosphonylated, VX-hAChE, oxime reactivator, imidazole-based oxime, RS-170B, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.57
零角强度 I(0) i0217110000.00
分子量 molecular_weight119310.0 kDa
排除体积 excluded_volume149560 ų
包络体积 envelope_volume183810 ų
水化壳体积 shell_volume45658 ų
包络直径 envelope_diameter111.3
壳层 Rg shell_rg40.50
包络 Rg envelope_rg32.44
形状 Rg shape_rg32.55
总 Rg total_rg33.24
总原子数 total_atoms8442
残基数 n_residues1080
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.3
Rg (实空间) rg_real33.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real2.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal217100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9029
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.5
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.554
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha65070000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.956

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6o5sa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like
结构域编号 domain_idd6o5sb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6o5sA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id6o5sB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)