6o65

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 1 (AtSPDS1) in complex with decarboxylated S-adenosylmethionine and cyclohexylamine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase 1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE × 2 CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE × 2 CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE × 2 CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE × 2 CYCLOHEXYLAMMONIUM ION × 2 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPD1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 B； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 C； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 D； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 E； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 F； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 G； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334 作者链 H； PDB构建体 4–304； UniProt 34–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6o65
沉积日期 deposition_date	2019-03-05
结构标题 title	Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 1 (AtSPDS1) in complex with decarboxylated S-adenosylmethionine and cyclohexylamine
关键词 keywords	Polyamine metabolism, Putrescine Biosynthesis, Transferase, dc-SAM, MTA; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6o65__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6o65__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6o65__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.44 Å
Rg（电子密度）	24.33 Å
总 Rg	25.26 Å
原子数	4572
残基数	583
排除体积	82049 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6o65__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6o65__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6o65__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6o65__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spermidine synthase 1
分子量 formula_weight	33293.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	20468

SNAKKEPACFSTVIPGWFSEMSPMWPGEAHSLKVEKVLFQGKSDYQDVIVFQSATYGKVLVLDGVIQLTERDECAYQEMITHLPLCSIPNPKKVLVIGGGDGGVLREVARHASIEQIDMCEIDKMVVDVSKQFFPDVAIGYEDPRVNLVIGDGVAFLKNAAEGSYDAVIVDSSDPIGPAKELFEKPFFQSVARALRPGGVVCTQAESLWLHMDIIEDIVSNCREIFKGSVNYAWTSVPTYPSGVIGFMLCSTEGPDVDFKHPLNPIDESSSKSNGPLKFYNAEIHSAAFCLPSFAKKVIESKAN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-[(S)-(3-AMINOPROPYL)(METHYL)-LAMBDA~4~-SULFANYL]-5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	356.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYCLOHEXYLAMMONIUM ION
分子量 formula_weight	100.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2103

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6o65a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6o65c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6o65e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65f1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6o65g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65h1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.17 — Spermidine synthase

结构域编号 domain_id	d6o65h2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6o65A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6o65H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6o65H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	89.201 Å
晶胞边长 b length_b	107.558 Å
晶胞边长 c length_c	142.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.600 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2187
R_free r_free	0.2610

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 1 (AtSPDS1) in complex with decarboxylated S-adenosylmethionine and cyclohexylamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o65__assembly_3__model_1

6o65__assembly_3__model_1 | I(q)

6o65__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Spermidine Synthase isoform 1 (AtSPDS1) in complex with decarboxylated S-adenosylmethionine and cyclohexylamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6o65__assembly_3__model_1

6o65__assembly_3__model_1 | I(q)

6o65__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)